独立而有权威的司法机关是行政诉讼得以有效运行的必要条件，然而，我国因种种因素的制约这一条件是不甚充分的。
政府“法外行政”的传统意识深刻影响它对法治的接受能力、限度、速度，新中国建立的行政主导型的国家、社会体制强化了政府的权力，司法因诸多政治、历史因素的制约并没有取得和形成在现代国家所应有的独立性和尊荣地位，反而被融入行政体系之中，导致其依附性，更遑论权威性。
在行政诉讼实践中，行政机关作为行政争议的当事人，因切身利益所在较之其他诉讼对法院的干预有更强的驱动力，而由于行政部门在地方党政权力机构中的强势地位，司法体制的地方化实际上主要表现为地方政府部门对法院人事、财政的控制以及由此而来的对法院独立审判的实际干涉。（注：基于党管干部的原则，在法院组成人员由人大选举或任命前，需由本级党委讨论同意，上述人员的免职亦由本级党委或组织部门向人大提出。而由于政府领导人员通常在同级党委中占多数，地方政府实际上严重影响着司法人员的任免。在地方各级法院的财政倚赖同级政府供给时，地方政府控制了地方法院的生活，也就在很大程度上控制了其意志。）司法机关无论在物质供给还是在人事安排等方面都没有足够的自主权，无法排拒来自行政的干预，
宪法、法院组织法、
行政诉讼法关于法院依法独立审判的规定因无具体制度的保障难以落实。另一方面，行政审判庭作为法院的一个内设机构，受制于法院自身对之的重视程度。一些法院为获得人事安排、财政拨款等方面的某些利益，往往在行政审判方面加以让步。法院在行政诉讼中受理难、审理难、判决后执行难，充分体现了司法权面对行政权横加干预的无奈。就公民等原告方而言，行政诉讼极高的撤诉率则反映出他们对法院权威的不信任和被告行政机关对原告对之合法反对的不容忍。
弱小的司法权在没作必要准备的情况下，应建设法治国家之需被推向前台，勉为其难地担负起监督强大的行政权依法而“治”的使命，可谓“任重道远”。而在现行体制下，司法的独立性遭到严重伤害，难以承担这一使命。除非通过体制改革加强并维护司法权的独立性，行政诉讼将无出路。
作者认为，借鉴大陆法系国家的经验设置独立的行政法院审理行政案件，至少有以下优点：
行政法院独立设置，监督政府行政行为的合法性，这种地位与性质使其依法独立审判的要求与实际上屡遭干涉的矛盾在实践中不可避免地凸显出来。独立性要求的彰显，一方面会使立法机关加强对行政法院履行职务的保障，从而使行政法院在制度上确有能力排拒行政非法干预；另一方面也会引起社会对行政审判的重视，社会舆论对行政审判的监督与评价，有利于防止司法腐败，客观上也遏制着行政机关干预审判的冲动，有利于行政法院借助与公众的力量与行政机关的干涉抗衡；最后，行政法院作为独立主体会增强审判人员的自身凝聚力，从而在整体上加强排拒行政干预维护独立审判的意识。[7]
