矛盾冲突之二《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》和《关于上市公司涉及外商投资有关问题的若干意见》的矛盾。前者规定的是已上市公司中国有股和法人股被外资并购后公司的性质不变，且待遇也不变；后者则规定外商投资股份有限公司可以在一定条件下申请上市，该规定第5条指出：外商投资股份有限公司境内上市发行股票后外资比例低于总股东的25%的，缴回企业批准证书，并按规定办理有关变手续。这意味着外商投资企业上市后发行股票后外资比例高于25%的则不需要“缴回批准证书，并按规定办理变更手续”，也就是说定性上仍然为外商投资企业，且继续享受外商投资企业待遇。这就导致国外资并购而产生的含外资股的上市公司和有外资股上市后的上市公司待遇和定性上处于两个相反的规定之中，不平等的特征是显而易见。同时，当外资股上市后低于25%时，缴回批准证书的规定又和《外资并购境内企业暂行规定》的规定相抵触。
　　其次由于定性的冲突又带来了另一类冲突，那就是关于上市公司非流通被外资并购后的待遇问题的冲突。
　　矛盾冲突之一，《关于向外商转让上市公司国有股、法人股的通知》和中国外商投资管理体系的冲突。前者明确规定了上市公司转让国有股，法人股执行原有政策，不享受外商投资企业待遇。所谓 “待遇”一是被定性为外商投资企业而享受的优惠政策，包括税收特殊优惠政策，一是因其成为外商投资企业而应当受到相关外商投资管理体制的规定的限制。特别是在其作为新的投资主体时，应当遵循相关外商投资企业对外投资的准入限制等规定。很显然，从逻辑上，一个企业只有两种选择，一是作为外商投资企业应当享受优惠税收等待遇，但同时受到相关投资准入和审批，登记管理的限制；另一种是作为内资企业不享有外商投资企业特殊优惠，但是作为内资企业不受相关的投资准入的限制，二者非此及彼。而《外资并购境内企业暂行规定》创制出了另一种外商投资企业，这就是外资股权低于25%时，不享有外商投资企业的优惠待遇的相关政策，但由于被定性为外商投资企业又要适用外商投资企业的相应法规，特别是对外投资的准入限制和审批管理规定。《关于向外商转让国有股、法人股通知》人们又创制了第4种可能，那就是上市公司虽然有外资股份，但完全执行原有政策，不享受外商投资企业特殊税收优惠待遇，也不遵从关于外商投资企业对外投资的相关管理规定。这说明在给予外资并购的上市公司待遇的规定上，《关于向外商转上国有股，法人股通知》的规定和相关外商投资法律体系有明显的冲突。
　　矛盾冲突之二，外资并购上市公司国有股、法人股后上市公司享受的待遇和外商投资股份有限公司外资股上市后的上市公司的待遇存在冲突。这主要指在外商投资股份有限公司中，合乎条件时可以申请上市，包括非外资股部分在A股上市和外资股部分在B股上市后，如果外资股比例仍然在总股份25%部分以上的，可仍然定性为外商投资企业而继续享受外商投资企业的优惠政策待遇，当然也受相关外商投资企业政策法规的限制。但同样性质的公司，却因外资股来源不同而面临不同的遭遇《向外商转让国有股，法人股的通知》要求外资并购后的上市公司不能认定为外商投资企业从而不享有相关待遇和受到相应限制，这显然是不合理的。

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