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二是东盟法保留适用。即，东盟法不妨碍单个的东盟成员国采取或实施保护其国家安全，保护具有艺术、历史或考古价值的文物，或维护公共道德，或保护人类、动物或植物的生命和健康所采取的必需的措施。
三是东盟法适用排除。即，东盟法不妨碍单个的东盟成员国与其他东盟成员国、非东盟成员国在货物贸易、服务贸易、投资及其他经济合作领域达成的双边或多边的协议；东盟法的统一规定不适用于此类双边或多边协议的特别规定。
三、松散的组织架构
（一）决策性的机构
基于国家利益、民族特点和历史原因，东盟至今没有形成一个超国家的决策机构。现行组织架构中，起着决策性作用的有四种：一是政府首脑会议，就东盟的重大问题和发展方向做出决策。二是外长会议，每年轮流在成员国举行，负责制定东盟基本政策；并且，由当年轮值主席国外长任东盟常务委员会主席、其他成员国驻该国大使（或别的高级官员）任委员，该常务委员会不定期举行会议，负责处理东盟日常事务和筹备召开外长会议，执行外长会议的决议，并有权代表东盟发表主席声明。三是经济部长会议，负责东盟经济合作的决策。在区域经济一体化合作方面发挥主导性作用。四是其他部长会议，如劳工、社会福利、科教文卫、环保等。
（二）执行性的机构
东盟设有秘书处，为其行政总部；根据工作需要，另设有若干专门委员会。
为确保推进自由贸易区建设，1992年9月设立了部长级的东盟自由贸易区理事会(AFTA Council)，协助东盟经济部长会议负责推进和协调与AFTA有关的事务。在它之下还设立了一个专门的高官会。东盟投资区还设立了一个理事会。
由此形成了东盟自由贸易区的组织领导体系：首脑会议——东盟经济部长会议——AFTA理事会——经济高官会。甚至可以认为，东盟与东盟自由贸易区实际上是同一套机构。
四、灵活的运行机制
（一）决策原则与程序
东盟总的决策原则是各成员国不分大小、强弱，决策时一律处于平等地位。具体表现为：
1.互不干涉内政。
2.协商一致。任何议案只有在全体成员国没有反对意见即获得共识的情况下才能通过，并以东盟的名义对外公布或采取行动。如有一成员国提出不同意见，该案即遭保留。这里奉行的是“全体一致”而非“少数服从多数”的原则。
3.非正式磋商，又称会前协商。在决策会议之前，各成员国通过多方或双方接触，逐步形成较为一致的意见，为决策工作进行较为充分的准备。
4.“N-X”原则。即，如果少数几个成员国表示暂不参加某项议案，但又不反对该项决策，那么这项议案可获通过，而允许那少数几个国家缓期加入。此原则是对“协商一致”原则的补充和发展。比如，1987年东盟外长会议即接受了“六减X”原则。不过这一原则只适用于某些特定的合作计划，不影响东盟作出政策性决定时的一致同意原则。
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