第二、企业所得税征收管理体制不尽科学。这主要表现在对内资企业所得税的征管工作中：一是纳税地点不统一。比如，《
企业所得税暂行条例》规定，独立核算的企业应就地纳税，但又规定，铁路、民航、邮电通讯、金融等企业实行全行业的集中缴纳。上述规定给税款的确定、审核、征收都造成了很多不便和冲突；二是征管主体多元化，这主要是针对内资企业而言。内资企业中的非国有企业的企业所得税由税务机关进行征管，而国有企业形式上是由税务机关征管，但实际上仍由各级财政部门控制。征管主体不一致的直接后果就是造成政策、法规执行上的不一致，严重削弱了征管主体对企业所得税的征管职能。而且，由于“双轨制”的存在实际上加大了税务机关征管的成本。从现实情况来看，绝大多数一定级别以上的地方税务机关都设置了涉外税务局，虽然理论上涉外企业所得税的征管与内资企业所得税的征管是统一的，但实际运作上仍然是两套机构、两套制度，这在无形中就加大了征管的成本,违背了税收行政效率原则和WTO的国民待遇原则的要求。
第三、企业应税所得与企业财务会计所得之间的关系不明确。比如，《
企业所得税暂行条例》和《
外商投资企业和外国企业所得税法》明确规定：纳税人计算应纳税所得额时，其财务会计处理办法同国家有关税收的规定有抵触的，应当依照国家有关税收的规定计算纳税。但在计征时，将会计所得调整为应税所得的规定在具体执行和操作上还存在很多问题；而税务机关还没有能力单独实行一套完全独立的计税标准;特别是对国有企业而言,政策、法规冲突的现象还继续存在。
第四、企业所得税优惠政策效果较差。我国吸引外资的目的在于引进资金、先进技术，发展我国的基础产业和瓶颈产业。而对外资企业实行超国民税收待遇并未实现以上目的。比如，一是外商投资企业产业结构不尽合理，引进外资的总体质量偏低。投资类型绝大部分为劳动密集型企业，技术密集型、资本密集型企业所占比重较小；二是加剧了地区之间经济发展的不平衡。我国对外资企业的优惠政策主要体现为地域性的优惠政策，按“经济特区——沿海经济开发区——内地一般地区”从低到高设计梯级税率，而且特别优惠地区主要集中在沿海地区。我国经济的发展由于历史、地理等原因已存在很大的东西差距，这种歧视性的地域性优惠政策将进一步加剧地区间的不公平竞争，使经济的发展愈加不均衡。近些年来，国家虽然加大了对中西部地区的扶持力度，对中西部地区出台了比沿海地区的政策还要优惠一系列税收优惠政策，但由于中西部地区自然条件的恶劣以及基础设施建设的落后，导致其仍难以与东部沿海地区相竞争，税收优惠政策难以真正吸引东部地区资金向西部地区转移。
第五、存在双重征税,违背公平原则。我国对公司企业和股东个人分别课征企业所得税和个人所得税，并没有考虑重复征税的避免问题。这种重复征税将会使得公司在分配股利和不分配股利之间、在举债和募股之间发生一定程度的扭曲,显然不利于资源配置和整个社会的经济安全。
