从1993年底，中国开始了以增值税为主体的流转税制改革和企业所得税改革相配套的收益税制的改革，标志着中国的税收制度进入了现代税制建设年代，实质租税原则的运用也提到了议事日程。
1993年12月颁布施行的《
增值税暂行条例》第
七条规定：“纳税人销售货物或者应税劳务的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其销售额”。同年12月颁布施行的《
消费税暂行条例》第
十条规定：“纳税人应税消费品的计税价格明显偏低又无正当理由的，由主管税务机关核定其计税价格”。同年同月颁布施行的《
营业税暂行条例》第
三条也有类似实质租税原则的规定。这些都是实质租税原则在流转税领域的具体运用。
至于当时所得税征收领域中实质租税原则又是怎样规定和体现的呢？1993年12月中国开始实行的《内资
企业所得税暂行条例》，第
九条规定：“纳税人在计算应纳税所得额时，其财务、会计处理办法同国家有关税收的规定有抵触的，应当依照国家有关税收的规定计算纳税”。第十条规定：“纳税人与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用。不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税所得额的，税务机关有权进行合理调整”。1993年12月31日八届全国人大常委会第四次会议《关于
修改＜中华人民共和国个人所得税法＞的决定》后颁布的《
个人所得税法》中规定，对财产转让应纳税所得额的计算是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，对不能提供财产原值正确凭证的，由主管税务机关估定其财产原值。
对外商投资企业和外国企业，1991年4月9日后开始适用《
中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》，其中第
十三条规定：“外商投资企业和外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用。不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税所得额的，税务机关有权进行合理调整”。
