其次，《
民法通则》和《
民事诉讼法》关于我国缔结或参加的国际条约与我国法律有冲突时，优先适用国际条约的规定，只适合于民商事法律领域国内法与国际条约相冲突的问题，不能作为WTO协议在中国直接适用的法律依据。众所周知，民商事法律关系的一般原则是当事人意思自治，当事人可以自由处分自己的民事权利，只要不侵害社会公共利益和他人的合法权益。在涉外民事法律关系中，当事人的意思自治就体现为不同法域的当事人，可以自由地选择支配他们之间民商事关系的法律，即国际私法中的准据法。而WTO协议正如前面所论述的，调整的不是民商事法律关系，而是各成员方在自由贸易、公平贸易方面的立法、行政、司法行为等公法行为，是不能任意处分和规避的。
最后，WTO协议，究其本质，是属于强行法的范畴。根据法学原理可知，在任意法中，法不禁止某一行为视为可以为之；而在强行法中，法无明文规定可为视为不得为之。因此，司法部门和行政部门在
宪法无明文规定可直接适用作为强行法的WTO协议的情形下，应推定为禁止适用。 关于WTO协议转化适用的问题，笔者认为在一定条件下是可以采取的。转化适用的优点是，可以结合国内有关部门或领域的实际来适用WTO协议，从而将国际条约的履行与我国社会主义市场经济法律体系的建立与完善这一系统工程有机地结合起来，相辅相成。其不利的是，WTO法的内容十分庞杂，如果都通过转化方式予以适用，立法的任务繁重、费时，而且有些转化式立法难以避免与WTO协议的不一致。因此，转化适用应把握一个度，而非全盘“WTO化”。
对于维持现状，待发生争议后根据WTO争端解决机构的裁决再来修改、补充相关的国内法的消极适用方式，有的学者认为“这是一种被动的适用方式，是最不受WTO及其成员欢迎的方式，从而似乎是最不可取的一种适用方式”。但笔者认为，这种观点恰恰反映了这些学者对WTO协议的误解。其实，对WTO协议的精确理解是；各成员方如何在一定的法律框架下有组织和有纪委地背离WTO协议。也许这种说法太抽象，笔者就举几个有代表性的国际实践的例子予以证明。
作为WTO成员方的美国，其
宪法第
六条第二项规定：“在美国权利之下缔结的一切条约，与《美国宪法》和根据
宪法制定的法律，都是美国最高的法律”。可以看出，美国将
宪法和国际条约置于同等的地位。虽然美国在实践上将条约分为无须国内立法转化就可以直接适用的自动执行的条约和必须经过国内立法转化才能适用的非自动执行条约两种，但在认定条约是属于自动执行的还是非自动执行的权力，控制在美国政府手中。实际上，正如前面所提到的，美国并没有将WTO协议视为自动执行的条约，美国贸易法案中的301条款，包括特别301条款和超级301条款显然与WTO协议及其规则相违背，但仍然经常在美国政府指挥下挥舞其大棒制裁其他成员方。如果WTO协议是自动执行的条约，那么美国应当自成为WTO成员方后废止贸易法案中的301条款。但事实上，美国一方面鼓吹自由贸易，一方面又在做自由贸易的背离者。这可以作为WTO成员方背离WTO协议的典型。
