其二，应当规定在加重被告举证责任的同时应合理顾及被告合法权益的保护。即应规定在被告引用证据证明自己生产产品的制造方法不同于原告的专利方法时，应顾及被告保护其制造秘密及商业秘密的合法利益，避免出现被告在举证过程中因原告的过分要求或法院的不当措施而使其商业秘密泄露，出现另一角度的不公平。
除方法专利侵权诉讼外，其他知识产权民事诉讼中是否适用举证责任倒置或加重被告的举证责任，是一个有争议的问题。一种观点认为，应严格掌握适用举证责任倒置原则的适用范围，必须是
民法通则或其他知识产权实体法中明确规定的特殊类型的侵权案件才能适用。法律法规没有明文规定，不能由法官任意扩大举证责任倒置的适用范围。
另一种观点认为：在知识产权诉讼中，除方法发明专利侵权案件外，在商业秘密侵权、计算机软件及其他著作权侵权诉讼中，可就特定事实加重被告方的举证责任。如：商业秘密侵权案件，对被告取得商业秘密的手段，可由被告承担举证责任，但应十分慎重。
笔者赞同第二种观点，法官运用举证责任倒置原则确需慎重，一般应严格限定在法律、法规和有关司法解释明确规定的范围。但对于商业秘密侵权案件和计算机软件侵权案件，法官可根据案件的具体情况，加重被告对特定事实的举证责任是合理的，有利于保护知识产权权利人的合法权益。最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定第7条也明确规定，在法律没有具体规定，依有关司法解释也无法确定举证责任时，人民法院可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人的举证能力等因素确定举证责任的承担。该规定实际上赋予了法官在举证责任分配上一定程度的自由裁量权。法官可依照该规定在部份原告确无举证能力的商业秘密侵权案件和计算机软件侵权案件中，就特定事实要求被告承担举证责任。
【注释】
最高人民法院知识产权庭编：《知识产权审判指导与参考》，（第1卷）法律出版社2000年出版，第86页。
关于民事诉讼指导理念的规范性解释，参见江伟、刘荣军著：《民事诉讼程序中法院与当事人的作用分担》，载江伟、杨荣新主编：《民事诉讼机制的变革》，人民法院出版社1998年出版。
陈刚著：《证明责任法研究》，中国人民大学出版社2000年出版，第1-2页。
“神明裁判”，即根据神的旨意决定裁判的结果，西方的神明裁判主要包括神示、决斗和宣誓等；中国的神明裁判主要体现在“独角兽”传说的具体化和现实化方面。关于中国神明裁判制度的介绍，参见孙庆明等编著：《中国民法史》，吉林人民出版社1996年出版。
“所罗门审判”是西方广为流传的代表裁判者不是运用证据而是运用智慧进行主观推测的经典故事。相传大约3000年前，有两位妇女因声称自己是一婴儿的生母而发生争议，她俩请求代表着贤明和最高审判权的所罗门王裁判谁是婴儿的真正母亲。为了判断婴儿的生母，所罗门王判令将婴儿劈成两半让两位妇女平分。对此，其中一位妇女向所罗门王提出“将孩子判给对方，不予平分”的哀求；另一位妇女则提出“将孩子平分，谁也要不成”的主张。这时所罗门王认为应当确定主张不将孩子予以平分的妇女为婴儿的生母，并将婴儿裁判给该妇女。详见日本平凡社编：《大百科事典第八卷》，“旧约圣书列王纪略”第三章第十六节。转引自陈刚著：《证明责任法研究》，中国人民大学出版社2000出版，第8页。
刚著：《证明责任法研究》，中国人民大学出版社2000出版，第12页。
建林、姚莉著：《中国证据法的修订与完善（之一）》，载《法商研究》1999年第5期。
志培著：《应确立我国民事诉讼依法求实法官确信的证据制度》，载于.。
张卫平著：《民事证据制度改革走向控知》，载《法商研究》1999年第5期，
任进著：《知识产权诉讼证据制度问题》，载于北京市第一中级人民法院知识产权庭编著《知识产权审判实务》，法律出版社2000年出版，第66页。
整个民事诉讼领域中，知识产权诉讼最早实行证据交换制度，适用及普及范围最广，不少知识产权法官对此进行了专门研究。1999年6月8日至10日天津市高级人民法院承办的第五届全国部份省市法院知识产权审判研讨会还专题研讨了“知识产权诉讼证据问题”。参见：赵静著：《知识产权诉讼证据交换制度》，载于罗东川、马来客主编《知识产权审判实务》，法律出版社2000年出版，第82页；郃中林著：《关于知识产权诉讼证据的若干热点问题》，载于最高人民法院知识产权审判庭编《知识产权审判指导与参考》（第1卷），法律出版社2000年出版，第86—89页。
怡主编：《《民事诉讼法》学》，中国政法大学出版社1999年出版，第185页。
参阅郑成思译：《知识产权协议》，学习出版社1994年出版，第36-37页。
欧洲内部市场局编写、国家工商行政管理总局商标局翻译：《怎样在欧盟注册商标和保护商标-----欧盟商标注册与保护指南》，中国工商出版社2003年出版，第55-56页。
TRIPS中的临时措施主要是指诉前责令停止侵权行为、证据保全、扣押侵权商品等强制措施。
