在理论上，诉讼职能（procedural function）是指控诉、辩护和审判等主体在诉讼过程中发挥的功能和作用。 在职权主义诉讼构造中，检察官仍然是控诉职能的主要承担者，在传统上，学者们往往注重考察检察官控诉权与法官审判权的关系，以及国家权力与被告人权利的关系，而往往忽视了控诉权主体内部之间关系和被害人与法官之间的关系。职权主义“三方诉讼构造”中，对于被害人保护的不足体现为：
首先，在被害人与检察官的关系上，职权主义诉讼构造没有将被害人的控诉地位独立出来。被害人和检察官作为行使控诉权的两方重要主体，其利益和主张往往是不一致的，“检察官在刑事审判中代表的是国家和社会整体的利益，这种利益甚至包含了被告人个人的利益；检察官与被告人之间的对抗不像民事诉讼中的原告和被告之间对抗那样严格遵循公平竞争原则，而有其一定的限度。即使是在英美，检察官也不能像民事原告一样对被告人实施追诉，而适当考虑和顾及被告人的利益。” 正是考虑问题的出发点不同，被害人与检察官的冲突时有发生，但被害人并不拥有独立于检察官的诉讼地位。
尤其是在奉行职权主义诉讼模式的大陆法系国家，检察官不仅是公诉人，还享有一定的司法权或者法律监督权，检察官被视为与法官具有同等地位的司法官员，负有查明事实真相和维护司法正义的责任，“检察官在庭审中与其说处于公诉人的地位，倒不如说是法官查明事实真相的协助者” 检察官的司法官员性质，必然决定了被害人利益与检察官利益的不一致，也导致了在刑事诉讼中被害人权利与检察官权力的无法比拟，从而致使其无法有效地参与刑事公诉程序。
其次，在被害人与法官的关系上，由于大陆法系国家中法官的职权太强，也排斥了被害人的有效参与。在职权主义诉讼模式下，法官完全主导庭审，并且可以进行调查取证活动，例如法国《
刑事诉讼法》第
310条就规定：“在审理过程中，审判长可以传讯任何人，必要时用拘票拘传到案，或者根据庭审情况使人提交自己认为有利于查明事实真相的一切新证据。”在法官超职权主义的庭审程序中，被害人只能是沦为被调查和询问的对象，而很难处于真正的诉讼主体地位。
再次，在大陆法系国家，没有陪审团的存在，陪审员和法官没有职能上的分工，其庭审也就是 “法官或陪审法庭通过一次连续的审判对被告人是否有罪以及对有罪的被告人应处以何种刑罚等事实和法律方面的问题一并予以判决” ，不存在法院定罪程序和量刑程序的明显划分。由于没有独立的量刑程序，被害人对于裁判结果的影响也就大打折扣。
第四，在被害人与被告人的关系上，由于法官的强职权，被害人与被告人之间很难有充分的直接对抗。不仅被害人与被告人无法有效地直接接触，而且检察官有时也无法与被告人进行直接对抗。法官通常以“讯问被告人”作为法庭调查开始后的第一项活动，并且他还拥有检察官的卷宗，案卷中载明的证据由法官提出、传唤、出示和调查，“对于被告人是否有罪的问题，法官会通过自行调查形成清晰的主观认识，而没有必要听从检察官的过多的论证和说服”， 因此，被害人、检察官与被告人之间的对抗是不明显的，在刑事程序中的参与也是不充分的，只能处于辅助的地位。
最后，从职权主义诉讼模式的理念上看，它奉行实体真实原则（the principle of material truth）和“犯罪控制”优先的观念。由于“审问式审判的核心问题是由法官依职权查明案件的事实真相”，所以刑事公诉程序中允许和吸收被害人的参与，其目的首要的不是为了保护被害人的人权，而是为了查明案情，追究犯罪。在程序工具主义理念的指导下，刑事审判程序“主要是法院用以查明真实、实现公正裁判结果的一种工具或手段” ， 由于程序没有独立的价值，那么被害人对刑事程序的参与，除了有助于发现客观真相之外，也就没有特殊的意义。
因此，大陆法系职权主义国家的“三方诉讼构造”模式在被害人的权利保护方面是存在内在缺陷的，无论是从被害人与检察官、被告人以及法官之间关系的协调，还是从诉讼模式的基础理念等方面，都需要进一步的改造。
（三）中国刑事诉讼构造中的被害人
由于刑事诉讼构造有“横向构造”和“纵向构造”之分，前者是指控诉、辩护和裁判三方在各主要诉讼阶段中的法律关系，而后者则是指三方在整个刑事诉讼程序中的法律地位和关系。 长期以来，我们只重视对刑事诉讼“横向构造”的研究，而忽视了对“纵向构造”的探讨。我国的刑事诉讼构造，从“横向”来看属于一种“超职权主义”，而从纵向来看，则属于流水作业方式的“线形”模式。我国刑事诉讼构造的基本特征为：
第一，在侦查阶段，侦查机关的权力强大而无制约，犯罪嫌疑人的权利受到极度限制。在我国实行“侦查便宜主义”，侦查机关在侦查程序中可以直接对犯罪嫌疑人采取剥夺人身自由较长时间的刑事拘留措施，也可实施取保候审、监视居住等限制人身自由的手段；侦查机关不需要司法令状，可以采取搜查、扣押、查封、冻结等强制性侦查手段，法官对侦查程序的司法审查基本上处于空白状态。
而在犯罪嫌疑人的权利保护方面，现有的保障手段非常微弱，犯罪嫌疑人不享有反对强迫自我归罪的特权，对于侦查人员的讯问，负有“如实供述”的义务；犯罪嫌疑人在被进行第一次讯问或被采取强制措施之日起，虽然可以聘请律师，但律师的介入及其权利是受到严重限制的；犯罪嫌疑人在人身自由受到剥夺或者财产权利受到限制的时候，难以向法院申请司法救济。
第二，在审查起诉阶段，检察机关具有超强的职权。人民检察院不仅是公诉机关，而且是专门的法律监督机关；1996年刑诉法修改后，我国虽然不再采取案卷移送主义，但检察院仍要庭前向法院提交起诉书、证据目录、证人名单和主要证据复印件及照片，检察院的材料仍然会导致法官在庭前产生预断；而犯罪嫌疑人尽管可以聘请辩护人，但是辩护律师的权利，尤其是调查取证权和查阅、复制案卷材料的权利受到很大的制约。
第三，在审判阶段，法官主导庭审，有权调查取证，当事人的行为受到极大限制。我国1996年刑诉法修改尽管吸取了部分英美法系国家抗辩制的因素，但是法院的庭前程序仍然存在部分性实体性审查的因素；法官可以庭外调查取证，我国《
刑事诉讼法》第
158条规定：“法庭审理过程中，合议庭对证据有疑问的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。”“人民法院调查核实证据，可以进行勘验、检查、扣押鉴定和查询、冻结。”法官的调查由庭内延伸到庭外，而且这种调查核实不受控辩双方意志的制约，法官在一定程度上可以包揽庭审调查、取代控辩双方对证人进行询问，显示出法院的超职权色彩。
第四，在公检法之间的关系以及侦查程序、起诉程序与审判程序的联系上，显示出一种流水作业方式的“线形”结构。公安机关、检察机关和法院在刑事诉讼中分工负责、相互配合、相互制约，各自独立自主地实施诉讼行为；法院无论是在庭前还是在法庭审判中，都无法对审判前的追诉活动进行有效的司法控制；而追诉机关的案卷材料对法院的裁判结论具有决定性的影响；公检法三机关一旦发现案件事实不清、证据不足，就可以推动程序“逆向运行”；法院在公安机关、检察机关追诉活动完成之后，发挥继续追诉的作用；侦查、起诉和审判三程序的划分具有很大的弹性，在外界因素的干预或推动下始终存在相互交叉甚至完全重合的可能。 总之，在我国“流水作业式”的诉讼构造下，公检法三机关及其侦查、起诉和审判程序都围绕于惩治犯罪的目标服务，保护人权的色彩大为弱化。
1996年我国刑事诉讼法修改之后，尽管吸收了对抗制的某些因素，但改变的主要是法庭审判的“横向构造”，也就是控辩裁三方在法庭审判中的地位和关系，但对于侦查程序、公诉程序和审判程序等“纵向构造”的关系，没有多少变化。
可见，在上述我国刑事诉讼构造的诸项特征中，我们可以发现，在侦查程序和检察院审查起诉阶段，由于实行一种流水作业型的诉讼模式，法官对审判前的诉讼活动是无法参与的，法官在审判前程序中的司法审查制度没有建立，司法机关不能就追诉活动的合法性举行任何形式的程序性裁判活动，所以我国在刑事审判前程序中，可以说连基本的“三方诉讼构造”的形态都不存在，仅仅存在刑事追诉机关与犯罪嫌疑人“两方构造”的特征；在法院的审判阶段，虽然基本上确立了“两造对抗、法官听审”的诉讼方式，但是法官的职权过于强大，尤其是享有不受限制的庭外调查权，这也就使法官有时可以超越控辩双方的主张之外行使职权。
在这种我国特殊的诉讼格局中，被害人在刑事程序中的地位和作用就显得非常微妙。我国1996年
刑事诉讼法修改之，提升了被害人的诉讼地位，将被害人正式确立为刑事诉讼的当事人，但是对于被害人与侦查人员、公诉人的关系，被害人在庭审中的地位并没有详细规定，被害人在整体上还是依附于国家控诉机关的，司法实践中被害人的控诉职能并没有很好的实现，被害人对刑事程序的参与也不尽如人意。
首先，在法院审判前的侦查程序和审查起诉阶段，被害人难以有效参与。按照1996年修改后的《
刑事诉讼法》的规定，被害人在侦查程序和审查起诉程序中享有的诉讼权利主要有：一是侦查机关对于将用作证据的鉴定结论要告知被害人，如果被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定；二是有权申请侦查人员和检察人员回避；三是对国家机关侵犯自己诉讼权利和人身侮辱的行为，有权提出控告；四是公诉案件的被害人及其法定代理人或者近亲属，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，自案件移送审查起诉之日起，有权委托诉讼代理人；五是人民检察院审查案件，应当听取被害人和被害人委托的人的意见；另外，对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人，被害人如果不服，可以申诉也可以向人民法院起诉。
