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三、世界自由贸易区管理体制的基本模式
我国的保税区是以国际上通行的自由贸易区为摹本而设立的，将来的发展方向也将是自由贸易区，因此，完善我国保税区管理体制有必要借鉴世界自由贸易区管理体制的成功经验。
在宏观层面，自由贸易区数量众多的国家和地区一般设置专门的宏观管理机构，负责对全国自由贸易区的审批、监管、检查和协调工作。这里的宏观管理机构，既可以是专门的机构，如美国的外贸区委员会，也可以是原有的中央部门。
在微观层面，自由贸易区管理体制有两种基本模式：一种是政府管理模式，由所在国家或地方政府的派出机构或特设机构依法对自由贸易区实行综合性管理，如新加坡、泰国、菲律宾、意大利、巴西、墨西哥等国的自由贸易区。在这种模式下，自由贸易区的管理机构往往注册一个或几个开发经营公司，负责自由贸易区的具体开发经营事务。这种模式一般适合于发展中国家，即自由贸易区的基础设施基本由政府来承担，法制建设不是很成熟，国内市场开放程度不是很高，政府对市场经济的管理和干预较多的国家。另一种是公司管理模式，由政府授权一家专业管理公司或新设置一家管理公司，专门从事自由贸易区的开发建设和经营工作，同时代行部分行政管理职能，其他的专业管理事务由相应的政府主管部门予以管理。实行这种管理体制的国家一般是发达国家或自由开放程度较高的国家，如美国、巴拿马、爱尔兰、印度尼西亚和马来西亚等。实行这种管理模式的条件一般包括自由贸易区所在国家法制比较健全、市场化程度和对外开放程度较高、政府对经济的管理和干预较少以及自由贸易区职能较单一等。
四、我国保税区管理体制的完善对策
我国已经加入世贸组织，在世贸组织下，我国保税区的原有优越性将逐渐减弱，再加上经济特区和经济开发区的迅速发展，保税区发展所面临的竞争是异常激烈的，因此，保税区要取得比较优势，就必须在管理体制上予以创新，就必须从管理体制上要效率，只有高效率的运作体制才能创造出高效率的发展。依据我国保税区管理体制存在的缺陷并结合世界自由贸易区管理体制的成功经验，完善我国保税区现行管理体制需要从宏观和微观两个方面入手。
在宏观层面，为了对我国保税区的发展给予整体规划和宏观指导，需要成立一个专门的管理机构——“中国保税区管理委员会”（将来可称为自由贸易区管理委员会），其委员可以由商务部、海关总署、税务总局和其他相关部委的领导组成，其职权主要包括：制定保税区的发展目标和功能定位；负责全国保税区的总体规划和全面管理；制定保税区的各项基本政策和管理措施；负责保税区的宏观调控；研究、起草保税区条例和保税区法；与全国人大及其常委会、国务院、地方人大和地方政府进行联系，在相关政策问题上予以协商；同国务院各部委就保税区发展的相关政策问题予以协商并联合下发相关的指导性意见或部门规章等。鉴于这一委员会主要是一个宏观指导和政策协商的机构，而且委员均为各部委的领导，可以考虑下设“保税区管理办公室”作为管委会的具体执行机关。
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