政府在管理模式中的行为失范，相当一部分原因是由于自己在整个农村金融体系中的角色定位不当。换言之，政府在信用社管理方面的行为只是系统性干预失范的一个子项目。因而有必要从农村金融体系的高度来分析，这是解决问题的一个前提。
农村的正式金融，从组织上看，包括有信用社、农业银行、农业发展银行等等，从功能上讲，可以分为政策性金融，商业性金融，合作性金融。根据美国金融学家罗伯特·莫顿（Robert C.Merton）和兹维·博迪（Zvi Bodie ）的观点，应该从功能视角出发来分析，而不是在现有的金融机构与组织既定的前提下来讨论农村金融组织结构的优化，应该看到，金融功能比金融机构更稳定，即随着时间推移和区域的变化，金融功能的变化要小于金融机构的变化。15这里笔者采纳功能性分类的观点并结合我国的现实来考察农村金融体系，在此基础上具体分析政府干预的正当性问题。
从农村现实来说，功能与组织是不对应的。首先是合作社，原本是一种合作性金融，但是现在它的身上几乎没有多少合作的因子，更多的是一种政府控制下的商业性的金融机构，并且承担了相当部分的政策性金融的功能。其次，本应承担政策性金融功能的农业发展银行，在１９９８年３月，随着国家粮食流通体制改革，国务院决定将农发行承担的农业综合开发、扶贫等专项贷款业务，以及粮棉企业加工和附营业务贷款划转农业银行，农发行自此专一履行粮棉油收购资金封闭管理职能。16实际上政策性功能严重萎缩，根本承担不了国家层面上支农的使命。
这种混乱的局面危害很大，首先影响各自金融功能的发挥，其次更重要的是必将导致政府对于各种不同功能的金融组织干预行为的基础不清晰。因为对于农业政策性金融来说，一般是由政府全资创办、政府参股或提供国家保证等形式，以保证经营的政策性，有效的贯彻执行政府意图，在这种情况下，政府基于出资关系或其他法律关系，干预就有了合法性基础；对于商业性金融，无论是国有独资还是股份制，在《
公司法》和《
商业银行法》等法律的保护下，政府都无权直接的干预（当然可以采用股权式的市场行为）；对于合作性金融，由于没有资本纽带，除非基于相关法律的规定，政府是无权干预的。因而，面对不同的金融组织，政府的权限是不同的。如果不从法律上对一个金融组织的上述功能加以区分，基础法律关系的混沌必然会为政府机关的干预提供自由发挥的空间。事实也证明如此，政府对信用社的干预不都是打着“支农”的旗号吗？在这个问题上也显示出法学和经济学在这一问题上的互补性，经济学家多是关注地方政府借支农为名将国家与自己捆绑在一起，进而引发的道德危机和逆向选择；而从经济法的角度，我们更应该关注这种干预行为的违法与合法的三八线，分解其背后的各个法律关系，进而构建起经济功能与法律责任相一致的金融组织体系，从而严格的规制政府针对不同类别金融机构的行为限度。
