海洋法公约和
领海及毗连区法的批准生效主体都是全国人大常委会，所以这两者在法律效力体系中的地位应该是同等的。关于两者冲突孰优先的问题并没有直接的明文规定。但是１９９９年底修订之后重新公布的
海洋环境保护法第
９７条以及同时通过的
海事诉讼特别程序法第
３条都规定除声明保留的条款之外国际条约都优先于国内法。另外，国务院和中央军委联名颁布的
飞行基本规则第
１２１条也规定∶“中华人民共和国航空器在本国领海以外毗连区、专属经济区和公海上空航行，中华人民共和国缔结或者参加的国际条约同本规则有不同规定的，适用国际条约的规定；但是，中华人民共和国声明保留的条款除外”。可以推论，当
领海及毗连区法与海洋法公约之间发生冲突时，中国的立场倾向于承认公约的优先性。
除此以外，还需要考虑以下一些相关的因素∶英美法等发达国家都承认外国军舰的通过性航行权，不要求事先的许可或者通告；在海洋法问题上苏联曾经与美国采取不同的立场，但是为了海洋大国的共同的长远的利益，后来与美国等协调一致；中国否定军舰的通过性航行权有可能因此引起发达国家的众怒以及周边国家对中国扼制国际航线的恐惧，从而联合阻挠台湾海峡两岸的统一；为了维护主权，防止有害航行，完全可以根据法律规定采取命令停船、登舰检查、要求中止航行、责令退出领海的措施，等等。特别应该注意的是，与其他国际公约不同，海洋法公约的一个重要特征是规定了强制性解决纠纷的程序，原则上因海洋法公约的解释或适用而产生的纠纷必须交付具有法律拘束力的国际审判；在根据海洋法公约进行的审判程序中，诉讼当事人不限于缔约国家，国家以外的主体也可以提诉或者应诉；犹有甚之，尽管不具备高阶规范的根据，海洋法法院规则案规定了对紧急事项的判决方式；因此，在处理
领海及毗连区法与海洋法公约的冲突时，必须把国际诉讼的可能性及其后果也都纳入视野之中。
总而言之，中国有必要根据加入海洋法公约后的新形势修改或者重新制订
领海及毗连区法，在台湾海峡接受通过性航行权的概念，放弃有关军舰事先通报的要求，以免授人以柄。但是与此同时，应该根据国际法中空域管理权必须比海域管理权更严格的惯例，大力加强空中防御系统。
