第二个分析的角度是生存权与自由权之间的关系。孙志刚的死因和非典患者的死因都昭示着这样一个惨痛的教训：我们的生存权与自由权原来是不可分离的；如果没有充分的言论自由和信息公开就难以及时进行自我防卫，而没有必要的人权保障和司法救济也就不可能获得最基本的生命安全。当然，在有些场合为了维护生存权不得不限制自由权，例如
宪法第
51条规定的公共福利以及对等性原则对公民基本权利的限制，但这样的限制应该是在不得已而为之的条件下所施加的最小限度的限制。在这样的前提条件下，为了防治非典所采取的强制性隔离措施对自由的限制是可以正当化的，但无论如何，对孙志刚人身自由的限制自始至终就是完全不能法正当化的。尽管如此，剥夺孙志刚的自由和生命的严重事件还是发生了，而且这一类的侵权行为也并非个别的例外现象。这充分暴露了我国在人权保障方面所存在的缺陷。更具有讽刺意味的是丧失了自由权的孙志刚是死在收容救治站——这本来是为保障流浪人员的生存权而建立的社会福利设施！
在反思防治非典初期失误时可以发现，
宪法第
35条所规定的言论出版的自由受到过分严格的限制以及缺乏知情权意识是最主要的原因。在追究孙志刚命案的责任时可以发现，
宪法第
37条所规定的人身自由和第
38条所规定的人格尊严都缺乏充分的制度性保障。除此之外，还需要指出现阶段警察职能的多样性以及相应的制度缺陷。例如刑事侦查功能与行政功能没有进行必要的区隔分离，公安机关在很多方面承担了执行社会政策的职能，而法院和检察院对警察的巨大权力实际上又未能进行充分而有效的监督和制约。
这就需要第三个分析的角度，即从制度改革和政治体制创新的高度来思考解决问题的方案。首先涉及户籍和暂住证、收容遣返的做法、公检法司的四者关系特别是检察院与公安局之间的分工等方面的变化。更重要的是通过分权和法治的方式严格限制国家权力，导入司法审查制并加快行政透明化、决策民主化的进程。
