《天津港保税区管理条例》第六章税收优惠部分规定，保税区企业享受以下优惠：国家给予保税区企业的各项税收优惠；国家给予经济技术开发区企业的各种税收优惠；国家和天津市给予保税区外企业的有关税收优惠；国家认可的其他保税区实行的税收优惠。《天津港保税区管理办法》第六章税收优惠部分规定，从境外运入保税区的货物，除国家另有规定的外，免征关税和进出口环节的工商统一税或产品税（增值税），或者保税。经保税区转口出境的货物，免征关税。免税进入保税区的货物运往境内非保税区时，照章征收关税、进口环节的工商统一税或产品税（增值税）。保税区内企业产品运往境内非保税区或境内非保税区的货物运入保税区，按海关规定办理。除国家另有规定外，保税区内企业生产的产品运往境外时，免征关税和生产环节的工商统一税或退还已征的产品税（增值税）；产品在保税区内销售时，免征生产环节的工商统一税或产品税（增值税）。保税区企业按国家有关规定和天津港保税区税收优惠的若干规定，享受所得税的减免优惠。
　　《大连保税区管理办法》第六章税收管理部分规定，从境外进入保税区的货物，除国家另有规定外，免征关税和工商统一税或产品税（增值税）。经保税区转口出境的货物，免征关税和工商统一税或产品税（增值税）。免税进入保税区的货物再运往境内非保税区时，按规定征收关税和工商统一税或产品税（增值税）。从境内非保税区进入保税区的货物，经检验符合出口条件的，免征生产环节的工商统一税或退还已征的产品税（增值税）。出口应税货物，应照章纳税。保税区企业生产的产品，除国家另有规定外，按下列规定免税或征税；产品运往境外的，免征关税和生产环节的工商统一税或产品税（增值税）；产品在保税区内销售的，免征生产环节的工商统一税或产品税（增值税）；产品经批准运往境内非保税区的，应按规定征收关税和工商统一税或产品税（增值税）。保税区内的企业除享受保税区的税收优惠外，还可享受开发区的税收优惠政策。
　　其他保税区管理条例或管理办法也规定了大致类似的税收优惠制度。
　　《天津港保税区保税科技产业发展中心优惠政策》在税收方面的规定很有特色。具体的制度有：保税区管委会每年拨出可支配财政收入的5%，在预算支出中设立“天保科技发展金”，支持企业的研究开发、高新技术成果产业化和鼓励高级人才入区。鼓励国内外风险投资公司在保税区设立风险投资机构。凡对保税区科技主管部门认定的高新技术企业和高新技术成果产业化项目的投资额占被投资企业资本金20%以上的，对其股权分利免征企业所得税，并按该分利额50%抵扣风险投资机构自身的计税利润，减征企业所得税3年。凡在保税区注册的，对保税科技中心高新技术产业领域的投资额占其总投资额的比重不低于70%的，可比照高新技术企业享受税收及其他优惠政策。高新技术企业和高新技术成果产业化项目新建或新购置的生产经营场所，自建成或购置之日起5年内免征房产税。经保税区管委会批准，在保税科技中心设立的国家级工程技术研究开发中心，由保税区“天保科技发展金”提供500万元人民币资助；对设立的省级工程技术研究开发中心，由保税区“天保科技发展金”提供300万元人民币资助。经认定的高新技术产业化项目，从认定之日起5年内，保税区“天保科技发展金”给予相当于该项目每年缴纳的营业税、企业所得税、增值税保税区留成部分的财政扶持；之后5年，保税区“天保科技发展金”给予相当于该项目每年缴纳的营业税、企业所得税、增值税保税区留成部分50%的财政扶持。经保税区科技主管部门认定，在保税科技中心经营的计算机软件开发企业，从认定之日起10年内，保税区“天保科技发展金”给予相当于免征企业所得税（保税区留成部分）的财政扶持。并从认定之日起5年内，保税区“天保科技发展金”给予相当于实际缴纳房产税、增值税保税区留成部分、营业税、城建税的财政扶持。之后5年，保税区“天保科技发展金”给予相当于实际缴纳房产税、增值税保税区留成部分、营业税、城建税50%的财政扶持。由经认定的高新技术成果产业化项目组建的新企业，所发生的工资总额可按规定据实列支，不受计税工资的限制。高级人才从事高新技术成果转化所获得的奖励和股权收益，若再用于直接投资高新技术成果产业化项目，全部免征个人所得税。

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