一切都已准备停当，一个意外事件却打乱了撤退中的联邦党人的如意算盘——詹姆斯并未能将全部的法官委任状送出。当太阳再次升起时，有17份治安法官的委任状仍滞留在国务院。新上任杰弗逊总统对联邦党人的这些做法早就“义”愤填膺，得知这一消息后，立即指令他的国务卿麦迪逊拒绝发送这些已经签署封印的委任状，并将这些委任状都“如同办公室的废纸、垃圾一样处理了”。〔4〕与此同时，共和党人为主的新国会也立即引入法案并于1802年3月8日成功地废除了《巡回法院法》，但没有撤销有关治安法官的《特区组织法》。为了防止马歇尔控制下的最高法院对国会的行为挑战，新国会还进一步以法令形式迫使最高法院从1801年12月到1803年2月关闭了长达14个月。当最高法院再次开庭时，已经是1803年了。
无法获得委任状的威廉•马伯利以及其他其他三位“亚当斯的午夜法官”万般无奈，他们依据1789年《
法官法》第13款所规定的联邦最高法院的管辖权提出诉讼，要求最高法院向新任国务卿麦迪逊发出训令，命令他递交委任状。与此同时，联邦党人对共和党控制的国会废除《巡回法院法》的行为也在巡回法院提出了诉讼。案件到了马歇尔大法官的手中。
马歇尔大法官所面临的局面非常微妙也非常棘手。他非常想利用这个机会来教训教训杰佛逊总统和共和党人；同时为了使联邦党人真正能够有效利用司法对抗共和党，最高法院的权威也必须提高，使其真正成为与国会和总统同等的机关。然而，马歇尔也深知，这个汉密尔顿曾认为“既无钱又无剑”〔5〕的最高法院的权威很有限，无法强迫政府和国会服从最高法院的判决。在此前，马歇尔就曾将马伯利的请求转告麦迪逊，要求麦氏就此问题给予答辩，然而麦迪逊毫不理睬。因此，即使最高法院作出判决，麦迪逊还会如此对付。这样一来，不仅判决毫无用处，更重要的是会“偷鸡不成反蚀把米”——马歇尔个人的和最高法院的权威都会进一步降低。但如果为避免这一尴尬而拒绝审理这些案件，则意味着——至少在他人看来——马歇尔在共和党人的猖狂“反攻倒算”面前屈服了，他和最高法院也将同样灰溜溜的。干还是不干(To be or not to be)，这是一个哈默雷特式的问题，甚至更为哈默雷特，因为无论干不干都可能是输家。
“沧海横流，方显出英雄本色”，马歇尔决定要在一个看来必败的战役中打一场成功的战斗。他选择了马伯利诉麦迪逊一案进行反击(在另一案中，马歇尔放弃了，认定新国会废除《巡回法院法》的行为合宪〔6〕)。在该案判决中，马歇尔狡猾地(不带贬义)将问题概括为三个：
1、马伯利是否有权获得委任状；2，如果马伯利的权利被违反了，法律上可以有什么救济；3、如果法律上可以给予救济，是否可以由最高法院发出训令。在这份长达27页的判决书中，马歇尔用了整整20页对前两个问题作出了肯定的回答。〔7〕但是，从逻辑上看，说麦迪逊违法并不自然而然地等于最高法院有权力和权利命令麦迪逊纠正自己的违法。问题的关键在于，联邦法院有没有这个权利向麦迪逊发出这个训令？
