日后出现的巴黎大学采取了不同的组织形式，学生和教师首先组织在神学、法学、医学、文学这四个系中，各系再组成大学。大学由教授，而不是学生管理。从此以后，教授治校似乎成为稳定的大学自治形式。学术自由、教授治校的原则最终在19世纪初以后出现的现代研究性大学中稳定下来。
　　美国的第一所研究性大学――霍普金斯大学成立于1876年（北大的成立不过晚了23年）。不过和北大不一样的是，霍普金斯大学是由私人——霍普金斯先生的遗赠建立的。在美国，慈善家的捐助使大学一开始就摆脱了地方教会的束缚。而且霍普金斯大学开办时拥有的财政基础就相当于哈佛两个半世纪积累的总和。1892年芝加哥大学成立的时候，来自洛克菲勒基金会的捐助又是霍普金斯大学的许多倍。新的研究性大学的出现，最终影响到哈佛、耶鲁那些历史悠久、主要从事自由教育和职业教育的学院式大学，和一些州立赠地大学，促使它们也建立研究生院，将研究和教学结合起来。
　　在美国，大学这一百多年的历史可以以二战为界划为两段。在前一阶段，对学术自由、大学独立的威胁主要来自保守的董事会和唯唯诺诺的校长。比如1901年，斯坦福大学经济学家爱德华•罗斯关于中国移民问题的言论触怒了罗斯福夫人而遭到解职，该校7位教授随即愤而辞职。1915年，在杜威等人的领导下，一些大学教师在纽约集会成立“美国大学教授联合会”，这次会议上诞生了著名的《1915宣言》，宣布了学术自由的主要原则：教授作为教师和学者有权自由发表言论；除非不称职或有道德缺陷，教师的职位必须得到保证；教授受处分前有申诉的权利。大学教师类似于联邦法官的“行为良好便终身任职”的终身制（tenure），目的就是为了保证学术自由，就好像法官的终身制是为了保证司法独立一样。
　　那时候学术自由还只是被理解为教授个人的一项言论自由权利。而大学校长则要同时捍卫教授的学术自由和大学的学术独立。1936年，时任芝加哥大学校长的Robert Hutchins在《美国高教》一书中，对那些指手画脚的校友和自以为是的董事，老实不客气地写下了这样的话：“如果你认为学校的毕业生因为向学校交了钱就自认应该控制大学，那么就请恕我提醒你，他们所发出的噪音是与他们所支付的钱成反比的。”“学校的董事与校友不同，他们至少无可置疑地拥有控制学校的法定权利。但是他们越明智，就越不会去试图行使这种权利。”
　　二战以后，随着美国联邦政府对公私大学资助的不断扩大，政府、以纳税人自居的公众、以公众代表自居的媒体、甚至大学所在地的地方政府和社区，都对原本属于大学自治范围内的事务表现出越来越多的兴趣。而大学内部，古老的教授治校的传统，似乎在复杂的现代综合大学（multiversity）的管理中越来越力不从心，而让位于学校的行政官僚；学生尤其是本科生参与大学民主管理的要求，随着学生运动、黑人运动的来临而高涨，但并没有随着运动高潮的过去而过去。大学自治、学术自由，在这样一个民主社会中何去何从？

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