人民法院在实施主体的审查中，既要严格依法审查实际从事行政许可实施活动的单位是否具备实施主体资格，促进
行政许可法的贯彻落实和依法行政，又要从实际出发考虑行政管理的实际需要，防范和降低旧的管理体制与
行政许可法之间的碰撞给行政管理带来的风险，做到行政许可实施主体的逐步规范。当前在实施主体的确定方面难点是“行政机关”的理解问题。主要有两种意见：一种意见是传统的“编制说”，以某个单位成立时的编制是行政编制还是事业编制来确定是否是行政机关；一种意见是“职能说”，以某个单位是否承担行政管理职能作为区分标准。上述两种意见均有一定的道理，特别是“职能说”有其特定的历史背景及现实需要。长期政事不分的传统导致行政管理中客观上存在着大量事业编制的单位承担行政管理职能的情形，部分事业编制单位甚至自成立初始即为特定管理领域的“行政主管部门”，是“事实上的行政机关”。再考虑到一些地方为了节省行政编制，将许多本应纳入行政编制的单位确定为事业编制的情况也是事实。在上述情况下，完全根据编制情况来确定是否是行政机关，在
行政许可法的要求下，必然将导致大量事业编制单位因编制问题陷入既无法律、法规授权，又不能接受委托以其他行政机关名义实施行政许可的尴尬处境。事实上，行政许可的实施往往又离不开这些事业编制单位，例如，作为行政主管部门的事业编制单位就没有相对应的行政机关来代替其实施行政许可。对此，要么专门立法进行授权，要么将这些单位通过改变编制转为行政机关。然而这在
行政许可法实施后短期内是无法做到的，而且这对于行政管理的冲击也是现行体制所无法承受的。目前，一些地方已在探索政事分开的改革，在编制上也出现了“行政事务执行机构”这类介于行政机关与事业单位之间的类型。因此，在
行政许可法施行初期，着眼于事业单位尚处于改革之中的大局，人民法院在应当结合法律规定以及行政管理的实际，对行政机关概念灵活运用，对于一些从编制上不属于行政机关但又是行政主管部门的单位实施行政许可的，或者行政机关下设事业单位以行政机关的名义实施行政许可的情形等，不宜一概认定为无效。
与实施主体相关的另一个概念是“监督检查机关”，意即对被许可人以及其他相关公民、法人或者其他组织具有监督检查权力亦承担监督检查责任的单位。
行政许可法强化了行政许可的监督检查责任，以专章的形式对监督检查作出了规定。据此，监督检查机关主要有：一是根据“谁许可、谁监督”的原则，作出许可决定的行政机关是监督检查机关；二是违法行为发生地的行政机关，有权力亦有责任进行监督；三是法律、法规、规章规定承担监督检查职责的其他行政机关。第三种类型较为复杂，主要有：排斥型，即作出行政许可决定的行政机关不享有监督检查职责，由其他专门机关承担；竞合型，作出行政许可决定的行政机关和其他机关共同承担监督检查职责。此外，要注意中央国家机关作为实施机关的特殊情形，在法律、法规、规章未明确规定监督检查机关，而且中央国家机关亦无法直接实施监督检查的情况下，可以由该机关在职责范围内就上下级之间的监督职责作出划分。
