马歇尔把案件拆分为三个问题：①申请人是否有权得到其所请求的委任状？②如果他有权利，而该项权利受到了侵犯，国家法律是否给予他救济？③如果国家法律确实给予其救济，这个救济是不是由最高法院签发执行令？
经过细致、周密、曲折的论辩，马歇尔对第一和第二个问题的回答是：马伯里有权得到委任状，扣押此委任状并非法律授权可以作出的行为，是对法定权利的侵犯，国家法律应当给予其救济。
看上去，马歇尔就好像铆足了劲，呼喊着、挥着拳头向共和党人冲过去，与共和党人的激烈冲突已经显现出在所难免之势。然而，马歇尔却在第三个问题上突然转身，对同是联邦党人的马伯里先生说了声，“对不起，您的请求不是最高法院管的事情，我爱莫能助了。”一场“战争”就这样化为无形。马歇尔究竟如何巧妙地使自己从政党冲突中体面脱身的呢？
马歇尔指出，国会制定的《司法法》授权最高法院对担任公职的人员签发执行令。但是，根据对美国宪法第3条规定的解释，最高法院只有在涉及大使以及其他公使和领事的案件中，在州政府为一方当事人的案件中，才享有初审管辖权，在其他案件中，最高法院只有上诉管辖权。签发执行令给一位官员、促其送达一份文件，实际上等同于支持申请人提起的初审诉讼，它并不属于上诉管辖权。由此，《司法法》授权最高法院给政府官员签发执行令，是违背
宪法的。与
宪法相抵触的立法是无效的，这个理论是成文
宪法的应有之义。对于违反
宪法的法律，法院当然不能适用。否则，就会颠覆所有成文
宪法的基础，就会让无效的立法在实践中依然有拘束力，就会使立法机关实际地、真正地无所不能，可以凭其高兴随意逾越
宪法的限制。
马歇尔就是这样以《司法法》授权其签发执行令的规定违宪为由，拒绝了马伯里的请求。至此，一方面，他强烈批评杰斐逊和麦迪逊扣留委任状的行为违法，维护了联邦党人的面子，另一方面，他又狡黠地避免了签发执行令后可能遭总统及其行政部门反抗、甚至引发弹劾法官程序的尴尬局面。
在偶发的党派斗争中，智者马歇尔没有输。然而，对于美国宪政而言，他不经意间赢得了一个延续300年之久的制度。美国联邦最高法院破天荒地首次宣布一部国会立法违宪，为法院确立了
宪法监护人的崇高地位。
