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不过，由于成员国享有税收主权，并由此引申出缔结税收协定的权限，因此欧洲法院也承认税收协定中某些作法。比如，在Gilly 案中，欧洲法院裁定共同体条约第48条（现第39条）并不禁止德法税收协定对在公共机构工作的边境工作者基于国籍不同而适用不同的税收规则。
（三）、共同体对外税收关系
共同体层面对外税收关系属于共同体对外关系的内容。共同体以关税同盟为基础，其对外关系不同于成员国与第三国的国际条约。
1、共同体对外税收关系的法律基础
《共同体条约》第23条第1款（原第9条第1款）指出：共同体应以关税同盟为基础。关税同盟适用于全部货物贸易，禁止在成员国之间征收进出口关税以及与关税具有相同作用的任何捐税，对共同体外的第三国，统一实施共同关税税则。
因此，取消成员国间的关税和与关税具有相同作用的捐税属于共同体内部的关系，共同关税税则属于共同体与第三方的外部关系。共同关税税则是共同体共同商业政策(common commercial policy)的体现。共同关税税则如同一国实施WTO/GATT规则的法律，而共同商业政策则包含共同体与第三方签订的双边或多边贸易协定。在共同商业政策方面，共同体享有专有权限，因此成员国就无权缔结国际条约。
根据《共同体条约》第300条，共同体签订的国际协定对共同体机构和成员国具有约束力。根据欧洲法院的判例，共同体与第三国或国际组织订立的国际协定属于共同体法律体系的一部分，其效力低于共同体基础条约，但高于共同体机构的立法。欧洲法院在特定情况下也赋予这些国际协定以直接效力，但是关贸总协定是个例外。
2、共同体海关法典
共同关税税则在1968年7月1日之前就已出现。根据理事会第2913/92号规则和委员会第2453/93号规则，新的共同体海关法典(The Community Customs Code)于1994年1月1日生效。海关法典的主要内容是包括商品分类、海关估价和原产地等方面的规则。共同体没有自己的海关管理机构，共同体海关规则由各成员国的海关管理机构负责实施。
3、共同商业政策
《共同体条约》第133条（原第113条）规定：“共同商业政策应建立在统一的原则之上，特别是有关关税税率的变化、关税和贸易协定的缔结、贸易自由化措施、出口政策和在倾销或补贴情况下的贸易保护措施的统一。”欧洲法院认为共同商业政策的内容与主权国家对外贸易政策的内容没有区别。
就共同体对外贸易政策来讲，WTO/GATT体制具有重要的意义：
首先，WTO/GATT体制为共同体的建立提供了法律基础。1947年GATT第24条允许其缔约方成立关税同盟或自由贸易区，WTO则延续了1947年GATT的相关规则和作法。
其次，WTO/GATT体制对共同体具有法律约束力。欧共体作为WTO的成员之一，WTO/GATT体制中有关税收的法律规则也约束共同体及其成员国。
第三，欧共体可以借助WTO的争端解决机制来消除其他WTO成员中损害共同体利益的税收措施。比如，在著名的美国外国销售公司案(Foreign Sales Corporation)中，专家组和上诉机构裁决美国给予外国销售公司的税收优惠违反了WTO法律框架下的《补贴与反补贴措施协议》，美国的作法构成了被禁止的出口补贴，建议美国取消和修改关于外国销售公司的法律。
五、欧盟成员国税制协调与发展
以上论述了欧盟在协调成员国税制方面取得了成就。但是，欧盟成员国的营业税、消费税尚未统一，所得税的协调落后于间接税的协调。欧盟税法的发展现状，与存在诸多制约其发展的因素有关。但是，欧盟税法仍然有发展的空间和必要。在此，本文将对这些因素进行分析，并展望欧盟成员国税制协调的前景。
（一）制约欧盟税法发展的因素
1、共同体法本身允许的例外
共同体法要求成员国消除阻碍自由流动的税收障碍，但同时仍允许成员国在特定条件下背离这些法律义务，以关税和所得税为例：
（1）关税领域的例外
共同体法允许成员国背离禁止征收关税和与关税具有相同作用捐税的义务。这主要有以下几种情况：(a)成员国为进口商提供服务而就此收费。也就是说，成员国征收的费用是单对进口商提供服务的对价，不是只由于进口货物越过过境就予以征收，也不是为了公众利益。(b)成员国为履行共同体法强制要求的检验时，欧洲法院允许该成员国为了弥补检验的成本而征收税费。
比如，在Commission v.Germany案中，德国政府对进口的活动物收费，这种收费是为了弥补履行共同体第81/389号指令下检验义务的成本。欧洲法院认为，由于该种收费是与履行共同体法相关的，如果该种收费满足下列条件，就可不被归入与关税具有相同作用的捐税：收费不超过实施检验的实际成本；检验是强制性的，并统一适用于共同体内的所有产品；检验是为了共同体利益由共同体法规定的。因此，检验该案中的收费是履行共同体法施加于成员国义务的经济性补偿，不视为与关税具有相同作用的捐税。
（2）所得税领域的税制配合
在某些情况下，尽管成员国的某些作法表面上与《共同体条约》不符，但欧洲法院仍认可了其合法性，其法理上的依据为“税制配合理论”(cohesion of tax system)。
税制配合理论是欧洲法院在Bachmann 案中首次阐述的：比利时所得税法规定，只有纳税人在比利时支付的养老金和人寿保险金缴款(contribution)才能从其应税所得中扣除。巴克曼先生是德国国民，在比利时工作。比利时税务当局拒绝将他在德国的缴款从其所得中扣除。巴克曼先生于是起诉到比利时法院。比利时法院依据初步裁决程序向欧洲法院寻求解释共同体法。
欧洲法院首先指出，认为在一个成员国工作的工人随后到另一成员国受雇，正常情况下会在第一个成员国签订疾病保险合同、养老保险合同和人寿保险合同。比利时的作法构成了对工人自由流动的限制。
但是，欧洲法院认为比利时政府的作法是确保成员国养老和人寿保险税制相配合(Cohesion)的需要。
欧洲法院认为，在比利时税制下，从所得中扣减保险缴款造成的财政损失被保险公司支付的养老金应当纳税所补偿。如果缴款未被扣除，这些金额就免税。这种税制的配合，属于成员国的权限。如果成员国有义务将纳税人在另一成员国支付的保险缴款从所得中扣减，则该国应能对另一成员国保险公司支付的金额征税。但是，如果保险公司不对此缴税，就需要在保险公司成立的成员国强制执行，但保险公司所在国可能基于公共秩序拒绝为他国征税。
因此，欧洲法院认为，就共同体法的现行情况来看，不可能就税制的配合采取比该案中的作法限制性更小的措施。因此，比利时法的作法可为税制配合所必需的，不违背有关工人自由流动的第48条。
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