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一般说来，区分一种税收措施属于第25条管辖或是第90条管辖是比较容易的。但是，某些情况下却存在困难。这里有三种情况：
（1）第一种情况是成员国对进口商征税。一般来讲，这属于第25条管辖的范畴，但在特殊情况下，欧洲法院也判定在边境征收的捐税并不属于第25条管辖，而是由第90条管辖。在Dansk Denkavit ApS v. Danish Ministry ofAgriculture案中，丹麦法律要求进口商从国外进口饲料需从农业部获得许可，并对检查货物样品征收年费，而且该项收费对从事饲料贸易的进口商和国内生产商都适用。欧洲法院认为该项收费依据相同标准对国产品和类似的进口产品都适用，因而属于第95条（现第90条）意义中的税收。
（2）第二种情况是进口国并不生产进口产品但对其征税。表明看来，由于没有国内类似产品，应属于第25条管辖，但在Cooperative Co-Frutta Srl v. Amministrazionedelle Finanze dello Stato案中情况却不是这样。该案中，意大利对香蕉征收消费税，而对其它意大利产的水果不征收。意大利本国只产可忽略不计的香蕉。欧洲法院认为：如果该捐税由进口产品承受，同时没有类似或相同的国产品，在其属于根据不问产品原产地的分类标准而普遍适用的国内税制的情况下，就属于第95条（现第90条）管辖的范围，而不是与关税具有相同作用的捐税。本案中对香蕉的消费税就属于这种国内税制，其目的在于调节人们消费，产品在国内还是国外生产对税率和征收方式没有影响，而且征收该税的财政收入没有特殊目的。
（3）第三种情况是成员国将征税所得进行退税，或者是用于使特定集团受益。如果征税所得用于使特定国内产业受益，则应根据第87－89条有关国家补贴的规定进行处理。如果国内生产者享受的退税或其它利益能够完全抵销被征收的捐税，则该捐税属于第25条管辖的范畴，因为此种情况下实际上只对进口产品征税；如果部分抵销征收的捐税，则属于第90条管辖，因为这构成对进口产品的歧视税收。
三、人员、服务、资本自由流动与税收法律制度
在所得税领域，欧盟成员国税法可能成为阻碍成员国间服务、资本、人员自由流动的因素。以所得税对资本流动的影响为例：（1）税收增加资本流动的成本。一国居民在另一国的投资所得一般会面临双重征税：来源地国对利息、股息征收预提税，居住国对本国居民的境内外全部所得要征税。（2）税法对居民和非居民的差别待遇。“居民”和“非居民”是所得税法的基本概念，非居民不能享受一国给予居民的税收优惠是为普遍承认的。
为了消除共同市场发展的直接税方面的障碍，欧盟也在立法和司法实践中作出了努力。
（一）成员国税法的协调
在消除阻碍人员、服务和资本自由流动的直接税障碍方面，《共同体条约》缺乏具体和明确的法律规定。
《共同体条约》第293条（原第220条）第2缩进行规定：成员国在必要时应相互进行谈判以在共同体内消除双重征税。但是，欧洲法院在Mutsch案的裁决表明，该条款只是指出了在共同体内消除双重征税是此种谈判的目标之一，该条的字义清楚表明它不能为个人创设可在成员国法院援引的权利，因而不具有直接效力。因此，在所得税的协调上，共同体没有直接的法律依据可循。
不过，《共同体条约》第94条赋予了共同体理事会颁布协调成员国税法的二级立法的权限：“理事会根据委员会的建议，应当在一致同意的基础上，在会商欧洲议会以及欧洲经济和社会委员会后，为共同市场的建立和市场功能的需要，颁布协调成员国法律、法规或行政措施的指令”。
共同体理事会根据第94条颁布的协调成员国直接税的指令主要有：
(1)所得税领域税收合作指令
该指令规定了成员国主管当局之间在所得税领域相互提供情报的几种方式：定期交换、应一成员国主管当局请求交换，主动提供情报等。不过，该指令只规定了成员国合作的程序问题，并没有触及成员国的征税权。
(2)公司合并指令
指令适用于涉及2个或2个以上成员国公司之间的合并、分立、资产转让或股份交换涉及的税收问题。所有成员国应当通过国内立法保证免除上述交易的资本利得税(any taxation of capital gains)。
(3)母子公司间税收指令
该指令给予的税收优惠为：一个成员国的母公司从其在另一成员国的子公司得到的股息，该母公司所在的成员国应当给予免税，子公司所在国对子公司支付给其他成员国的母公司的股息不得征收预提税。
（二）、欧洲法院的判例
尽管直接税不在共同体法调整范围之内，但欧洲法院认为成员国行使其权利不应与共同体法相抵触。在实践中，欧洲法院借助于《共同体条约》关于服务、人员和资本自由流动的规定和原则来消除成员国国内直接税法对共同市场的阻碍，并发展了传统的税法概念。
1、消除阻碍服务、人员和资本自由流动的税收措施
《共同体条约》第43条（原第52条）明确要求，成员国对另一成员国的国民在其境内开业自由的限制必须取消；第39条（原第48条）规定应当消除在雇佣、工资以及其他工作、雇佣条件方面对成员国工人基于国籍的歧视；第56条是禁止成员国之间、成员国和第三国之间实施对资本和支付流动的任何限制。
上述条文没有直接对成员国设定所得税征收的义务。在成员国有权征收所得税、确定税率、税基等基本税收要素的前提下，欧洲法院审查成员国的上述措施是否构成了阻碍服务、人员和资本流动的障碍，或者说是否具有阻碍自由流动的效果，借此对成员国税收措施产生影响。以资本流动为例。
第56条禁止成员国采取对资本流动的限制。哪些措施构成“限制”呢？根据欧洲法院的判例，“限制”的范围比直接限制资本流动的外汇管制法规要广。那么，由于税收能够影响资本流动，税收本身是否属于“限制”呢？
在Sandoz案中，奥地利法律规定，奥地利居民获得贷款时有书面贷款合同的要缴纳印花税，没有书面文件则不需缴纳。但是，奥地利居民从境外非居民获得的贷款，即使没有书面合同，只要奥地利居民的账簿中有记载也视为书面文件，应当纳税，而奥地利居民从获得境内贷款，没有书面合同但在借款人账簿记载时却不纳税。欧洲法院认为，奥地利的作法具有阻碍奥地利居民从境外借款的效果，违背了《共同体条约》关于资本自由流动的规则。
因此，税收本身并不一定就会被认为是阻碍资本流动的限制，欧洲法院通过审查税收对资本流动产生的效果来判定其是否构成资本流动的限制。也就是说，税收仍然属于成员国主权范围，但是征税不能构成歧视，不能因此阻碍资本流动。
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