2.制度的独立性问题
在税收立法上，我国对于第三部门的税收问题并不重视，并未确立一套适用于第三部门的独特制度，其有关规定往往是散见于各类法律、法规、规章之中，这种立法状况与第三部门迅速发展的现实是不相适应的。与立法上的滞后相适应，有关第三部门的税法问题的研究也一直是滞后的，应当说，这些都不利于第三部门的税制建设。
3.捐赠对计税依据的影响
无论是企业还是社会团体、事业单位，都可以依法扣除一系列的项目，其中，捐赠支出尤其值得注意。因为就一般的企业而言，捐赠支出是企业与第三部门发生联系的重要渠道。但就我国税法的规定而言，并非所有捐赠支出都可以从应税所得额中扣除，而往往是限定捐赠的性质和数额的。例如，捐赠必须是公益、救济性的，并且，在内资企业所得税中还要求必须是间接捐赠，才能限额扣除。
4.收入来源对税法规制的影响
在我国，社会团体、事业单位（以下都统称为社团）的收入应首先分为两大类，即应税收入和非应税收入。其中，应税收入是指应当缴纳所得税的各种营业性收入，包括生产经营收入和其他收入；非应税收入是指不在征税范围之内的财政拨款以及其他可享受免税待遇的收入。（注：鉴于社会团体、事业单位在所得税方面存在的一些特殊性，为了弥补有关税收立法的不足，财政部和国家税务总局于1997年10月专门下发了《关于事业单位、社会团体征收企业所得税有关问题的通知》，对社会团体和事业单位的所得税问题做出了较为全面的规定。）可见，我国的情况同国外的相关立法基本上是一致的，即都强调要对社团的收入区别对待。只不过国外的立法更强调在立法上对社团的非应税收入做出免税或豁免的规定，而我国立法中的此类规定则相对较少或极少，甚至更强调对社团的收入征税。这可能与我国社团发展的现实状况（包括其成熟度、资金来源等）以及经济和社会发展的水平有关。
事实上，我国的社团发展甚为迅速，但相对说来成熟度不够。在资金来源方面也甚为复杂。例如，有些社团能够获得国家的财政支持；有些社团能够得到为数不多的、不稳定的捐赠收入；有些社团则主要是靠自己的生产、经营来维持存续，且这种社团不在少数。也正因如此，我国的企业所得税立法明确将有生产经营所得和其他所得的社团确定为纳税主体，而不是仅对企业才征收企业所得税。
根据我国的《
企业所得税暂行条例》等规定，凡经依法注册、登记的事业单位和社会团体，其取得的生产经营所得和其他所得，应一律按有关规定，征收企业所得税。亦即社团除了非应税收入以外的一切收入，都应当并入收入总额依法纳税。应当说，这是对社团征税的一般原则，同对于企业的一般要求是一样的。上述原则表明，当社团存在营利性收入时，我国税法也是对其视同一般的企业来对待的，因为这种社团并未体现出应有的非营利性的特征。
