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(二) 专家小组阶段
根据DSU的规定，如果被请求方在接到请求之日起10日内没有答复，或者30日内或在相互约定期内没有进行协商，或在60日内协商未能解决争端时，请求方得要求设立专家小组以负责解决其提出的争议。 专家小组至迟应在该项请求第一次列入DSB会议议程的下次会议上设立，除非DSB在该会议上以“协商一致”的方式决定不设立专家小组。 专家小组的职权范围是DSU明确予以限定的，除非争端各方在专家小组设立后20日内对此另有协议。争端各方应就专家小组的组成达成一致。专家小组的成员应具有独立身份、不同背景和丰富的阅历，他们以个人资格而不是以政府代表或任何组织代表的身份从事工作。WTO秘书处备有一份专家名单，上面列有资深的政府与非政府人士，争端当事方可以从中选定合适的专家小组成员。专家小组一般由3名专家组成，但若争端当事各方同意，也可以由5名专家组成。如果在决定设立专家小组之日起20日内，争端当事方对专家小组成员仍然达不成一致意见，应任何一方请求，总干事经与DSB主席、有关理事会或委员会主席以及争端当事方协商后，得指定专家人士组成专家小组。除非争端当事方另行同意，争端当事方的公民不得担任专家小组成员；但在发展中国家成员方与发达国家成员方之间发生争端时，若发展中国家成员方请求，专家小组至少要包括一名发展中国家成员方的人选。
专家小组设立后，要与争端当事方会见两次，争端当事方应在每次会见之前向专家小组提交书面意见。单方面与专家小组成员接触是不被允许的。接下来，专家小组便不公开地审议并起草报告。该报告的出台分为以下几个步骤：首先，要向争端当事方发出一份篇幅较长的事实与理由摘要供它们修正；其次，专家小组将一份报告草案提交给争端当事方，内有修正过的事实与理由摘要以及专家小组的法律决定与建议；第三，允许争端当事方对报告草案做出评价并再次会见专家小组，专家小组的最后报告应当体现争端当事方的评价。 一般来讲，专家小组应在6个月内向争端当事方提交最后报告， 这比其他国际法庭所需时限要短。
在制订DSU的过程中，WTO成员方不仅为专家小组程序规定了详细的时间表，而且对专家小组的职权范围亦做出了明确的限定。WTO各成员方在专家小组程序上的意图很清楚，那就是要确保专家小组的报告只是体现实体法而不是创立实体法，这种意图从DSU对加强实施专家小组报告的有关规定中可以看得出来。首先，DSU第19条规定，凡专家小组或上诉机构认为一成员方的某项措施不符合一个涵盖协议，它应建议有关成员方使其措施符合该项协议。但专家小组及上诉机构在其裁决与建议中不得增加或减少涵盖协议所规定的权利与义务； 其次，DSU第26条对“不违法之诉”的规定，同样给专家小组的建议施加了限制。根据该条款，只要一争端当事方认为某个成员方采取的措施，不论其是否违反有关涵盖协议的规定，其结果使得该当事方依照该涵盖协议直接、间接享有的任何利益受到抵消或损害，专家小组或上诉机构就可以做出裁决或建议。凡被认定为是抵消或损害了有关涵盖协议规定的利益、或妨碍其目的的实现而又不违反其规定的措施，就没有撤销该措施的义务。但在此类案件中，专家小组或上诉机构应建议有关成员方做出令双方彼此满意的调整。这些建议应当包括损害补偿，但不一定要求撤销相关的国内措施。 根据DSU第16条第4款的规定，从专家小组报告散发给WTO各成员方之日起60日内，该报告应在DSB会议上通过，除非一争端当事方决定上诉或DSB一致决定不通过该报告。
DSU的上述规定，对专家小组审案工作的影响是深远的。在不需经过上诉机构复审的场合，专家小组报告便当然具有拘束力，这就要求专家小组在做出决定时，应当非常小心和谨慎，其所做决定必须论证有力、理由充分、证据详实。而且，从实际情况来看，对专家小组工作的压力也正在与日俱增。这种压力主要来自于以下几个方面：首先，上诉机构在以往复审案件时所确立的原则和指导性意见，专家小组在审理当前争议时对此应给予关注；其次，各成员方正在将越来越多、越来越复杂的案件提请WTO争端解决机制予以解决，而这些案件所涉及事实与法律问题之广泛也远胜于GATT时期，这为争议的解决增加了不少难度；第三，与GATT专家小组程序不同，WTO争端解决机制的运作是有严格的时间限定的，尽管依照DSU的有关规定，在遇有比较复杂的案件时可以适当延长期限。所有这些新因素都对WTO争端解决机制下的专家小组工作提出了更高的要求，使得专家小组不仅要确保所做决定的高质量，而且专家小组成员对于争端的解决也要比在GATT时期投入更多的时间和精力。
（三）上诉机构复审阶段
既然DSU赋予争端当事方以上诉的权利，因此可以断定，只要败诉方认为上诉对其有利，它肯定会毫不犹豫地诉诸这一程序，WTO成立以来的争端解决实践也已证明了这一点。但是，根据DSU的规定，上诉机构的职权只限于审查专家小组报告中的法律问题以及专家小组所作的法律解释。 这一限定表明，WTO争端解决机制具有浓厚的司法色彩，具体体现为：上诉机构的“法官们”一般应由公认的权威并在法律、国际贸易以及涵盖协议主题上具有专长的著名人士组成；上诉机构得维持、修改或撤销专家小组的法律调查结果和结论； 等等。
与专家小组阶段不同，争端当事各方无权选择上诉机构的审理人员。上诉机构由7人组成，每项案件由其中的3人审理，依照上诉机构的工作程序来决定如何轮流。上诉机构的工作程序是由该机构与DSB主席和WTO总干事协商后制定的。 但是，实际上存在着这样一种可能性，即一争端当事方可在限定的时间段内自由决定其何时提起上诉，以根据上诉机构的轮流顺序来选择它所希望审案的人员。这种间接选择上诉机构审案“法官”的可能性并未引起普遍关注，因为在国内司法体制中，当事人通过改变连结点或挑选法院（forum shopping）的方式来确立或规避法院管辖权的现象亦比比皆是。要避免出现这种间接选择上诉机构办案人员的情况，审理任何一项案件的上诉机构人员均由抽签来决定是一个比较有效的解决办法。
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