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DSU第3条规定了争端解决的目标，即保障各成员方在有关协议中权利和义务的实现。当某一成员方根据WTO有关协议本应获得的利益，由于另一成员方采取的措施而直接或间接地受到损害时，该成员方可诉诸WTO争端解决机构（theDispute Settlement Body，以下简称DSB）解决它们之间的争议，以维护其根据协议本应获得的利益。
根据DSU的规定，争端解决应遵循以下原则：
1．多边原则。WTO各成员方承诺在发生贸易争端时，不针对其认为违反贸易规则的事件采取单边行动，而要诉诸多边争端解决机构，并保证执行其所作出的裁决。这一规定实际上是各成员方以法律形式授权争端解决机构解决它们之间的争端。
2．“倒协商一致”原则（将在下文中述及）。
3．法定时限原则（将在下文中述及）。
4．发展中国家优惠待遇原则。在WTO争端解决机制中，凡涉及发展中国家的贸易争端都作出了特殊规定，主要是给予发展中国家更优惠的待遇。例如，DSU第3条第2款规定，如果发展中国家成员方基于有关协议对发达国家成员方提出申诉，申诉方可援引GATT 1966年4月5日的《关于第23条程序的决议》的有关规定，作为执行DSU规则与程序的变通手段。又如，DSU还规定，在审核对发展中国家成员方的投诉时，专家小组应给予足够的时间来准备和提交有关的证据。如果当事方是发展中国家，专家小组报告应明确写明业已考虑到发展中国家成员方的差别待遇和更优惠规定；等等。DSU第24条还对最不发达国家成员方的案件规定了特殊程序：如果争端涉及最不发达国家成员方，各成员方应特别考虑这些最不发达国家的特殊境遇。各成员方在提交争端解决机构解决争议及请求授权中止减让或其他义务时，应适当地克制。WTO总干事或争端解决机构主席在此类案件中，一经某个最不发达国家成员方请求，就应在设立专家小组的要求提出之前，进行斡旋、调解与调停活动，以帮助有关当事方解决该项争端。
三．WTO争端解决机制的创新
前已提及，WTO各项协议规则主要是通过其自身的争端解决机制来确保顺利实施的，因此，这一机制运行得好坏，对成员方权利与义务的最终实现至关重要。鉴于GATT争端解决机制存在着种种缺陷，DSU在其各项规定中做出了意义深远的若干改进。概括起来，主要体现在以下几个方面：
首先，DSU创立了一个统一的争端解决机制，因而避免了在出现贸易纠纷时，无法确定究竟应当适用何种程序的不确定性；
其次，DSU建立了一个新的部门——上诉机构（the Appellate Body），以复审专家小组报告中的法律问题。DSU的有关条款区分了专家小组审理与上诉机构复审两个阶段，这类似于国内法院的一审和上诉程序。但与国内司法体制不同的是，国内法院有权力直接执行其判决，而WTO争端解决机制则仍须依赖那些效果较差而又不太直接的方式来实施其决定，诸如中止依据有关协议而实行的减让或其他义务（像中止承诺不采取高关税或配额制、不征收反倾销税、不使用对贸易施加限制的其他措施）等等。WTO争端解决机制并不具备直接实施其决定的功能，因为这将导致国家主权受到损害或丧失。上诉机构复审程序的确立，对于在国际贸易领域引入司法裁判具有非常重要的意义。该复审程序与“倒协商一致”（reverse consensus）的决策方式相结合，使得GATT以来的争端解决机制发生了重大变化。上诉机构由7名公认的并在法律、国际贸易以及涵盖协议(coveredagreement)方面具有专长的专家组成。该上诉机构的成员由DSB任命，任期4年，每人得连任一次；7位成员中依照一定的顺序，轮流由任意3人共同受理就专家小组报告提起的上诉案件；
第三，该新机制采用了“倒协商一致”或称“反向协商一致”（inverted consensus）的表决方式，这实际上确保了专家小组的设立，并且使得专家小组和上诉机构的决定可以不加修改地获得通过，即除非DSB协商一致表示反对，否则有关决定自动予以通过。 此种表决方式不仅在国际经贸方面，而且在整个国际法领域都颇具新意。这一表决方式的确立，是新争端解决机制的重要成就之一。根据DSU的有关规定，DSB可以在三种场合运用该否定性表决原则：即设立解决争端的专家小组；通过专家小组或上诉机构的报告；授权采取中止减让及其他义务的对抗性措施。
第四，DSU还设立了DSB这一具体的争端解决机构。WTO争端解决机制是由WTO部长级会议来负责实施的，部长级会议闭会期间则由总理事会（theGeneral Council）以争端解决机构（DSB）的名义负责实施。总理事会由WTO所有成员方的代表组成，在以DSB面目出现时，它是负责管理协商与争端解决的机关；而且，DSB还被授权设立自己的主席并制订其履行职责所必需的程序规则。
除以上四项重要变革外，WTO争端解决机制还有以下创新之处值得一提：采用仲裁作为解决争端的一种可供选择的方法，这增强了WTO争端解决机制的司法色彩；DSU为WTO争端解决机制的进程规定了严格的时间表，以提高工作效率，避免有关争议久拖不决；DSU为“不违法之诉”（non-violationcomplaints）设计了特殊程序，以补充完善WTO争端解决机制；等等。
DSU中所确立的争端解决机制，对WTO各项多边协议（Multilateral Trade Agreements，即附件一）的全体缔约方均有拘束力。一般而言，争端解决进程中成员方的权利与义务（包括各项诉因）是以WTO的相关实体性协议为依据的，而争端解决的规则与程序则受DSU支配。正如任何实体法规定都需要有相应的程序法来保障它的实施一样，无论是WTO确立的一整套国际贸易规则，还是在此之前由GATT主持下达成的一系列国际贸易协议，都需要有一个有效的机制来保障这些规则、协议的执行。因此，WTO争端解决规则与WTO管辖下的其他国际贸易协议的关系，实质上是程序法与实体法的关系。此外，WTO体系中还有一种复边贸易协议（Plurilateral TradeAgreements，国内也有译作“诸边贸易协议”的，即附件四），包括《民用航空器贸易协议》、《政府采购协议》、《国际奶制品协议》以及《国际牛肉协议》。这类协议并不要求WTO所有成员都必须参加，性质上属于供WTO各成员方选择加入的“小多边”协议，并且，非WTO成员方也可以自愿签署。其中，《国际奶制品协议》和《国际牛肉协议》现已因期满而不复存在，但《民用航空器贸易协议》和《政府采购协议》目前仍然有效。 复边贸易协议在WTO体制中的法律地位是微妙的：它们原则上只适用于“本”协议的缔约方，“对于未接受的（WTO）成员既不产生权利也不产生义务。” 但是，复边贸易协议项下规定的机构履行这些协议指定的职责，“并在WTO的组织机构内运作。各机构应定期向总理事会报告其活动。” 其他事项诸如协议的修改、加入、接受、生效等均按复边贸易协议的规定办理。此外，在这些协议的授权下，其缔约方也可以通过DSU程序解决它们之间的争端。
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