国际法上涉及船舶的一项法律制度是船舶的登记制度。它要求在公海上航行的每艘船舶都应该在一国登记并取得一国的国籍，航行时应悬挂该国的旗帜。通过这种方法，船舶以及船上的人和货物都受船旗国的限制，并且一般地受该国的专属管辖。
这就是所谓船旗国管辖原则。
“船舶的国籍”这一表述最早使用是在1826年。后来，它在外交文件、多边及双边条约、捕获规则及编篡、国内及国际法庭的司法辩论中使用。然而，对于船旗国管辖的内容和含义可能有不同的解释。例如，海商法上认为船舶的登记制度是为了明确船舶权利的取得、变更或消灭，保护各方当事人的合法权益。这显然是私法意义上的解释。从公法的角度，可能为了行使刑事管辖权、外交保护，或为了在法律冲突时选择法律，都可能有不同的解释。
国际法要求所有船舶应具有国籍，但国籍登记的条件由国内法来规定。国际法只要求船舶与其登记国之间必须有“真正的联系”。58年的《公海公约》第四、五、六条；《海洋法公约》第九十一至九十四条都是有关船舶国籍的规定。然而。国际法并没有明确规定船舶必须属于一国或另一国，它把这个问题也留给了国内法。
需要指出的是，船舶的国籍不具有与自然人的国籍类似的法律效果。船舶的国籍只是用来说明国籍国与船舶之间的联系，并不能说明其司法性质。根据《公海公约》第五条及《海洋法公约》第九十四条的规定，船旗国对船舶的义务主要是有效地行使行政、技术及社会事项上的管辖和控制。关于船舶上发生的犯罪，过去认为一般应当由船旗国管辖。但这一规则，不是普遍有效的，特别是当它们进入外国领海或港口的时候。船舶上的犯罪，常根据犯罪时船舶所处不同的领域以及案件的性质，定其管辖的归属。
现代海洋法将海域分为公海、专属经济区、大陆架、领海、毗连区等区域。对船舶的管辖权是根据船舶所处的位置来确定的。一般来讲，当船舶在公海上发生了碰撞或其他航行事故的刑事管辖问题，按照《公海公约》第十一条第一款及《海洋法公约》第九十七条第一款的规定，仅可由船旗国或被告所属国家行使。
三、早期沿海国管辖权的理论与国家实践
法国
直到19世纪初期，当外国船舶在沿海国水域或港口时，船旗国法律和沿海国法律并存的问题才引起注意。处理这一问题的一个著名案例是1806年法国对美国的两艘船萨莉和牛顿号案（The Sally& The Newton），该案有着非常重要的影响。当时在这两艘船上发生了船员之间的斗殴，法国港口当局和美国领事都主张自己有管辖权。后经法国行政法院判决认为，对船舶内部纪律事项或不影响船上外部人员的海员的犯罪行为，不应行使当地警察权。除非犯罪行为的程度扰乱了港口的和平和安宁，或船长请求地方当局予以协助。这就是所谓的“法国规则”。这一制度随后被许多国家遵循。
最早提到沿海国领海管辖权问题的法学家是朱弗若依(Jouffroy)。他在1806年谈到这个问题，可能是受到了上述萨莉和牛顿号案件的影响。朱弗若依认为，主权应该允许船旗国的法律来规范一些事情，除非这种管辖权的行使构成了对领土的侵犯。
“法国规则”不仅对港口制度有影响，而且对领海制度有着重要的影响，它很快就被适用于领海。需要注意的是，按照该规则，把管辖权留给船旗国的时候，该权利局限于船旗国的领事或船长。所以十九世纪的一些领事条约中采纳了“法国规则”。而现在的许多领事条约中都规定了对本国船舶管辖的内容。
英国
1840年以后，沿海国对领海内关于单纯的警察和管制事项的管辖权的理论逐渐形成。但在1843年至1876年间，对于在领海无害通过的船舶行使管辖权的问题还没有提出。提出这一问题的是1876年英国的“英王政府诉凯恩案”（R. v. Keyn）。
事件发生于英国的领水。一艘英国船与德国船发生了碰撞，结果英船沉没但并没有人遇难。该案引起的问题是英国中央刑事法院（Central CriminalCourt）对德国船长有无管辖权，具体说就是沿海国的管辖权是否可以延伸至位于其领水内的外国船上的外国人。最后，英国王座法院(British Court ofCrown Cases Reserved)以七比六通过判决，认为对距离英国海岸2.5英里的海上发生的刑事案件没有管辖权。虽然在普通法系国家中，沿海水域的刑事管辖权问题因海事法与普通法的关系而复杂，但该案的判决对普通法系和大陆法系国家都有影响，其直接结果就是支持了这些国家的实践，即：对在领海内行使无害通过权的外国船舶没有管辖权，除非涉及航行及安全的事项。
但两年之后，即1878年，英国国会通过了“领水管辖法案”（The Territorial Jurisdiction Act, 1878），确定了英国对位于其领水的外国船舶的刑事管辖权。
另外，虽然很少有对领海内行使无害通过权的船舶行使司法管辖权的事例，但在英国，这项权力在“商船航行法案”(Merchant Shipping Act)中从1854年到1956年都是存在的。该法案规定，任何外国船舶对王国政府或王国政府臣民的财产在世界任何地方造成了损害，该船无论何时在联合王国的任何港口或河流，或在距海岸三海里内被发现，……法院均可命令拿捕该船。
美国
美国在1859年前对海上船舶的刑事管辖权是不明确的。直到1859年马萨诸塞州海上发生了一起绑架案，虽然事发地点距离海岸一海里格（等于三海里），法院的判决仍认为没有管辖权。由于这一判决的结果，同年通过了一项法律，规定沿美国海岸一海里格以内的海域为领水。美国的国务卿西华德(William H. Seward)和费希(Hamilton Fish)先后分别于1869年和1875年发表声明，美国政府遵守、承认并坚持，任何国家的海上管辖权及于从其海岸起算一整海里格的地方。
1887年美国在“怀尔顿赫斯案”（Wildenhus’ Case）中，最高法院适用了与比利时签定的领事条约，该条约采用了法国1806年确定的原则，认为发生在新泽西码头的一艘比利时船上的比利时船员之间的谋杀事件扰乱了港口的公共和平。因此，可以行使当地的管辖权和适用当地的刑法。
美国1923年的“古纳德轮船公司诉梅隆案”(Cunard Steanship Co. v. Mellon)
提出了一个问题，即：是否授权假定美国的刑法自动适用于进入美国领水的外国船舶。对此，最高法院的回答是：“当一国的商船自愿进入另一国的领土界限内，就将其自身置于后者的管辖之下。”然而，在该案中，法院还称：
