1．在企业所得税方面。首先，从税制看，现行税制只统一了内资企业的所得税，并没有将内资企业所得税同外商投资企业和外国企业所得税合并，一些税收优惠措施只能由涉外企业享受，而内资企业则无权享受。这作为一种过渡措施是必要的，但是从长远意义来看，税收优惠措施对吸引外资的作用将会逐步减弱，不利于我国进一步对外开放，不利于内资企业和涉外企业平等地参与市场竞争，妨碍国内统一大市场的形成。其次，从税率看，新的
企业所得税暂行条例除设置有基本税率外，亦规定优惠税率，虽然照顾了一些微利企业和小型企业的利益，但存在有失公平的弊端。在经济特区和高新技术开发区继续执行15%的所得税率，如果不妥善加以处理，这将会导致社会资源过份流向发达地区，进一步拉大业已存在的地区间经济差别。在实践中，还有的地方继续承包企业所得税，严重地损害了税法的尊严。最后，从税收收入的隶属关系看，企业所得税虽然突破了按经济性质设置税种、税率的旧模式，但是还存在着级次行业区别问题。中央企业所得税和铁道、银行、保险等部门所集中缴纳的所得税划归中央，地方企业所得税划归地方，这种不彻底的分税制容易导致地方保护主义和行业保护主义。
2．在个人所得税方面。首先，我国现行《
个人所得税法》仍然采用分类所得的税制，这种税制的实行，虽然能够控制税源、节省稽征费用，但是不能较好地体现公平税负的原则，不利于进一步同有关国际税收惯例接轨。其次，立法过于粗略，可操作性差。个人所得税的征收和管理涉及面广，关系极其复杂，许多问题应在
个人所得税法中作明确的规定。但是，我国《
个人所得税法》全文仅14条，不能很好地起到行为规范的作用。再次，该法规定的税前扣除不合理。我国《
个人所得税法》采用统一固定数额的费用扣除，这种税前扣除办法虽然简单，但是不能起到公平税负的作用，因为不同纳税人取得的不同项目收入所化费的成本各异，各纳税人维持最低生活标准的收入额也不尽相同。最后，规定的应税项目不尽科学。一方面，该征的未征，如期货交易等所得；另一方面，该免的不免，如依
国家赔偿法所取得的赔偿金等。[4]
