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行政许可的重要功能之一是为市场提供秩序，保障市场运作的顺畅。但是，行政许可如果缺乏规范，此种功能将被异化：即它不再是为市场提供秩序，保障市场运作的顺畅，而是被人们用于制造地方垄断和部门垄断，阻碍市场主体的公平竞争，人为地分割市场和妨碍市场流通。如目前一些地方利用行政许可阻止外地啤酒、汽车等商品到本地销售，阻止外地商人到本地收购羊毛、棉花等；一些部门利用行政许可搞行业垄断、行政垄断，不许民营企业、个体企业涉足其世袭领域等。地方垄断和部门垄断的结果是保护落后，维护效率低下、价格昂贵、质量恶劣的生产、经营和服务。
3、行政许可不规范，将导致权力滥用，滋生腐败
行政许可是一种“公共物品”，本是应为社会、为公众服务的。但是，在其缺乏规范的条件下，它可能异化成为某些政府机关和政府工作人员谋取私利的工具。例如，一些政府机关利用行政许可（如“馒头许可”、“三陪许可”、“通行许可”等）乱收费；一些政府机关工作人员，甚至是领导干部（如成克杰、胡长清、王怀忠等）利用行政许可受贿、索贿，将行政许可作为一种“设租”、“寻租”，获取暴利的途径和工具。行政许可权力被滥用，一些政府机关和政府工作人员利用行政许可搞腐败是导致行政许可为世诟病，以至许多人否定行政许可正面和积极作用的重要原因。
4、行政许可不规范，导致官僚主义盛行，效率低下，市场交易成本增加，影响经济效益和社会效益
这方面的例子很多，举不胜举，老百姓对之意见最多，怨气最大。《人民日报》2002年9月23日报道，在连云港，以前办一个房地产开发项目，相对人要跑18个部门，经过69个环节，盖67个公章，办理时间要8个月；在浙江，珠光集团办理2项国家机电产品出口许可，其中一个项目（墨西哥项目）的许可办了2年多；另一项目（巴西项目）的许可办了3年多。《南方周末》2001年10月11日报道，武汉一家企业申请审批一个危房改造扩建项目，花了2年多时间，跑了市区70多个单位，盖了800多个（次）图章。像这样的行政效率，哪个投资者能忍受？一个项目的审批、许可要花上一两年时间，与之合作的伙伴可能等不及，走了，市场可能被人家占了，你投下几千万、上亿元资金，很可能就泡汤了。
5、行政许可不规范，导致公民与政府主仆关系颠倒，为行政权力侵犯公民权益提供了机会和条件
在一个民主国家，人民是国家的主人，政府和政府工作人员应该是人民的公仆。但是一些政府机关和政府机关工作人员由于受传统官民关系思想的影响，总是把自己当成主人，把人民当成管理客体。在行政许可领域，由于长期以来缺乏法律对行政许可行为的规范，更使这种颠倒了的政府和人民的关系明显化：行政相对人要想申请一项行政许可，往往要向政府工作人员请客、送礼、求人、托人找关系等，即使这样，政府办事人员还不一定热情给你办，还要面对和忍受“门难进、脸难看、话难听、事难办”的境遇。公民在这些政府工作人员面前，哪还有半点“主人”的气势，主仆关系整个给颠倒了。
（三）我国行政许可实践中出现的种种问题，已经发展到不立法加以规范不足以阻止行政许可功能进一步异化的势头，不立法加以规范不足以保障我国社会主义市场经济的正常秩序，从而影响我国经济和社会正常发展的程度
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