第二个层次是选任机制上的独立。
宪法规定了人大是我国法官的产生和监督机构，民选看似公正，但隐藏着诸多不合理因素。任命权在立法机关，会使法官在处理纠纷时过于迁就民意，而当前一般民众缺乏法律的大局观和整体意识，这足以影响法官以事实为依据，法律为准绳的态度。同时，前面提到过：法官队伍是高业务素质的精英化团队，选举法官不同于选举村民小组长或者社区主任，稳定的执业环境造就司法的高效。从司法改革的方向说，司法机构对司法人员的任免权力应该扩大，人大的任免权当做一定修改。与立法机关和行政机关比，司法机关没有军权，财权，对社会财富没有支配能力，仅有的判断职能尚须借助行政机关的暴力工具，明显的弱势地位需要通过扩权来实现自我保护。
第三个层次是审判地位上的独立。尽管我国宪法规定，人民法院独立行使审判权，不受行政机关，社会团体和个人的干涉。但审判地位上的独立还很遥远。不考虑其他外部力量干涉，单在司法机关内部，法官独立审判的地位就受到极大挑战。审判委员会制度是我国诉讼法确定的基本制度之一，其任务是总结审判经验，讨论重大的或者疑难的案件和其他有关审判的工作的问题。事实上，审判委员会已经成为了一个实实在在的审判组织，如刑诉法规定：“对于疑难，复杂，重大的案件，合议庭认为难以做出决定的，由合议庭提请院长决定提交审判委员会讨论决定。”鉴于我国存在富有特色的错案追究制，故参与案件审理过程的合议庭的法官实际上没有决定权，而审委会成员不直接参与庭审，仅凭办案人的汇报却能决定判决意见，合理性值得怀疑。这一制度将法官的审判权力压缩到很小范围，是独立审判地位实现的障碍。保证独立审判，改革的方向应该是给法官“松绑”，给合议庭放权。合议庭只需在其职权范围内对其审理的案件作出判决，没有其他任何人可以在同一案件上对当审法官进行支配。
法官独立的根本保证——司法机构与其他相关主体的权力划分
司法与立法机关的权力划分应当强调对弱势司法的保护。立法机关有任免权，在制度上把持法官选任；有监督权，司法机构的工作报告通过和工作评议来自人大；有立法权，且几乎独享立法权，现有的制度未给予司法机构评价立法合宪性的权力。从权力制衡理论出发，原本两者的权力配置应注重权力的相互制约，而现在已呈现出权力失衡的态势。针对上述状况，司法改革可采取的措施包括：（1）适当扩大司法机关对法官的任免权限；（2）人大的监督控制在合理范围，直接干涉法官独审的个案监督应予避免；（3）建立我国的违宪审查制度，赋予司法机构审核立法合宪性的权力。
