（一） 工商特别是税务部门工作中存在着漏洞与薄弱环节，有关工作人员责任心不强甚至渎职现象大量存在而惩治不力，这是造成虚开增值税专用发票犯罪如此泛滥的最根本原因。大多犯罪分子成立虚假公司，从工商注册地址和税务登记地址、注册资金、公司有关人员的身份证到公司及其有关人员的电话号码等大多虚假，而国家有关法律、法规及规章明确了工商、税务部门在管理此方面的权利与义务，但在实际中几乎没有严格执行；特别是有的税务部门对公司一般纳税人的认定、防伪税控机的发放、增值税专用发票的领购等关系国家税收能否有效征收的规定置若罔闻，或者随意放宽条件，导致犯罪分子有机可乘。如今年查获的深圳市格业实业有限公司涉嫌虚开增值税专用发票一案，该公司利用他人身份证等虚假手续取得《企业法人营业执照》、《税务登记证》，一个月左右，在没有进行任何业务的情况下就从税务机关“合法”领取了增值税专用发票，之后仅一天开具了增值税专用发票88份（价税合计9千多万元）就消失，到公安机关调查时发现该公司的主要税务资料丢失，导致该案目前仍无大的进展。又如前案例“7.03”案，犯罪嫌疑人陈锦涛成立五家公司（工商、税务资料大多虚假）在没有任何业务的情况下取得防伪税控机并领购了电脑版增值税专用发票475份，在为他人虚开后将伪造的假发票联、抵扣联连同真实的存根联、记帐联到税务机关全部申报作废（连编号顺序等都未变），税务机关竟然一直没有“发觉”。犯罪分子靠这种拙劣手段成功地为他人虚开增值税专用发票475份，价税合计1.9亿多元，税额3千多万元。
　　（二） 税务机关“以罚代刑”普遍，公安、税务在办案中协调不够。当前，税务机关对于虚开增值税专用发票犯罪案件，大多以偷税为由给予罚款、补缴税款等行政处罚，追求经济效益，没有依法移交公安机关追究刑事责任，这是公安机关无法有效打击虚开增值税专用发票犯罪的根本原因。而公安与税务办案不协调问题则比较普遍，影响了打击虚开增值税专用发票犯罪，一方面，由于虚开增值税专用发票犯罪本身税务专业性极强、而有的证据（如对发票真假的鉴定等）要由税务机关出具等原因，公安
　　机关在打击此类犯罪时必须要有税务机关的配合，而税务机关有时消极应对；另一方面，在案件的管辖和赃款的处理上也有许多不协调，对于可以交罚款和补缴税款的案件，税务机关往往积极管辖不移交公安机关，公安机关想管辖也无从如手，对于没有经济效益的案件则往往相互扯皮，另外，公安与税务机关对存款等都有查询、冻结的权利，在公安机关追缴赃款和税务机关追缴税款的过程中也有冲突。
　　（三） 地方保护主义、部门保护主义存在，没有针对此类犯罪跨地域广的特点建立有效的查处机制。在实际工作中存在着“以罚代刑”、“打击涉税违法犯罪主要是税务机关的事”、“公安机关追缴赃款是为税务机关追缴税款”等错误思想导致部门保护主义严重。由于虚开增值税专用发票犯罪中受（开）票单位大多分布全国各地，要查清犯罪事实就必须对所有受（开）票单位进行调查，因此就必须依靠受（开）票单位所在地的公安、税务机关协查，但由于往往会触动当地的某些利益，部门保护主义、地方保护主义不同程度的存在，影响了办案的质量。如今年查办的义丰实业（深圳）有限公司涉嫌虚开增值税专用发票一案，内地有的税务机关明知所管辖公司开具的增值税专用发票不是从其单位领购属于假发票时，仍拒绝出具该增值税专用发票是假发票的证明；有的税务机关明知所管辖公司属于虚开增值税专用发票，仍以种种原因出具证明称该公司不属虚开增值税专用发票。

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