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1．在承认权利义务平衡时，对于如何实现这些平衡，TRIPS的规定并不明确。作为知识产权的专门协议，TRIPS协定当然应该把详尽开列知识产权的各种权利作为己任，而不会太多涉及人权内容。但是，TRIPS在提到对人权保障的避让时，其间接提及的方式、原则性规定的模糊、捉摸不定的弹性、对限制进行限制的但书等，从根本上使得执行者无所适从，人权保障无法得到切实贯彻。
人们看到，TRIPS协定虽然将涉及人权的内容放在了“目标”与“原则”的重要地位，但是，目标与原则的执行没有可操作性，同时，国际社会按照可以量化的最低标准，把TRIPS协定的执行与国际贸易相结合，严格的执行与监督机制加上国家利益的驱动，有关知识产权的利益保护被一再扩张、突现，而人权则受到极度挤压和排斥。可以说，即使有所谓“弹性”，而在TRIPS协定的执行中，弹性没有朝着有利于非发达国家的方向伸张。
即使是对利益平衡的关注，TRIPS协定总没有忘记“但书”式的例外。比如第8条两款都提到，适用利益平衡原则而采取的措施，要以“与TRIPS协定之规定保持一致”为前提。它表明，各种限制本身也是要受到限制的。结果，弹性很大的“目标”与“原则”变得更空洞、模糊。
2．就知识产权保护客体而言，TRIPS协定所限定的对象明显属于已经在西方发达国家发展成熟并占据绝对优势的部门，且只涉及发达国家的创新。例如，TRIPS协定对专利的保护大多是有关于现代技术形式，如生物技术等。多年来的统计数据表明了这一点。据世界银行等统计，占压倒性多数的技术持有人与专利申请来自发达国家。1997年，高收入国家的专利申请数量为2785420件，同时，东亚和太平洋地区是290630，中东和北非地区只有1716件申请，而非洲萨哈拉以南地区只有392959件，其中只有38件来自当地居民。特别是，知识产权保护代价昂贵，申请、维持费用不小，还要监督使用，最终可能在必要时打击侵权。
形成对比的是，对一直倍受关注的文化遗产和土著人技术保护问题，TRIPS协定没有予以必要的关注。这就包含了不平衡，会对非发达国家和地区人权特别是文化权利的享有产生冲击。在TRIPS协定的框架下，知识产权保护与此类传统知识保护之间存在着紧张关系。人们看到，土著社区之外的人未经知识拥有者的同意，任意使用其知识成果；而此类使用行为所产生的新技术，却成为使用者的专利，这已经被认为是一种严重的不公平。理由可能是，文化遗产与传统知识等保护问题一直没有定论，且与知识产权保护个体新创造的宗旨不符，所以不能纳入知识产权协议。可是我们也必须承认，国际上存有激烈争论的不少问题（如植物品种）还不是照样写进了TRIPS协定？很明显，关键是谁在争论中占上风。
况且，1994年的土著居民权利宣言草案中已经指出，“土著居民有资格被承认对其文化和知识产权的完全所有、控制和保护。/ 他们有权采取专门措施，控制、发展和保护其科学、技术与文化表现方式，包括人的与其他基因资源、种子、医药、动植物特性知识、口头传统、文学、设计以及视觉与表演艺术。”
3．在国家主权层面，TRIPS协定会削弱国家对国内人权的促进与保护，会不合适地限制一个国家的自决权利。国际条约在一定程度上限制缔约国的自主是难免的，关键在于，它不应该削弱国家对其国内人权的促进与保护，不能不合适地限制一个国家对其国内事务的自决权利。在TRIPS协定之前，对于是否、如何给予一项关乎国家发展的技术以专利保护，一个主权国家可以视本国经济发展水平，自由做出选择、决定。这正是《发展权宣言》第二条所要求的，即国家有权利和义务制定适宜的国家发展政策，旨在不断提高全民和所有个人的福利。而TRIPS协定则创造了知识产权国际保护历史上的重要变革。它迫使成员为某些技术提供专利保护，比如医药。这与国家在其发展策略方面的自决，具有明显的冲突。
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