三、职权分离主义的明确化
我国专利制度实行的是职权分离主义。即法院负责专利侵权的司法审查，专利局负责专利性审查。在民事诉讼程序中，法院无权就专利性的问题进行判断。只有在行政诉讼中，法院对于专利性才具有最终的决定权。
笔者认为，我国之所以实行职权分离主义，其原因除了对于大陆法系的继受之外，主要原因在于发挥专业部门的作用，使专利权的认定专业化，提高专利权认定的水平。如果基于这个观点来审查我国目前的专利权认定方面的职权分离主义，就会发现仍然有需要完善的地方。
一是在民事诉讼当中，出现了民事裁判在某种程度上违反职权分离主义的现象，直接干涉专利权的认定，有待规范。
二是在行政裁判中，缺乏职权分离主义实现的基础。专利行政裁判法官没有专利认定的职业技能，造成要么其对专利权的认定不具有职权分离主义的权威性，要么其认定多是参考专利局意见，失去司法审查的原来意义。
三是专利复审委员会在成为独立法人后的法律地位不明确，同时，复审委员会并非真正的委员会制，并不能真正起到对专利审查的规范、统一的作用。
根据
专利法及国务院有关机构设置的规定，专利复审委员会原属于知识产权局内设机构，负责对专利权无效的请求的审查，作出维持或者无效的决定。而按照
专利法第
三条之规定：“国务院专利行政部门（现国家知识产权局）-----统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。”也就是说，专利复审委员作为国家专利行政部门内设机构所作出的决定仍然是以专利行政部门的名义作出的，即第四十六条所规定的，“宣告专利权无效的决定，由国家专利行政部门登记和公告。”这一条明确了专利复审委员会是专利行政部门内设行政性质的或者说是准司法性质的决定，其决定不具有独立性，其行为只是专利行政部门在作出最终决定之前所提供给相关利益人的一个行政复议程序，而最终的权利授予决定权仍然是国家专利行政部门。而如果专利复审委员会成为独立法人，则其无效和维持专利权的决定尽管仍然可以根据第四十六条作出，但显然就会与第三条发生矛盾。可以看出，独立的专利复审委员会根据四十六条作出的维持和无效专利权的决定等于可以就对抗“国务院专利行政部门----统一受理和审查专利申请，依法授予专利权”的权力。
另外，复审委员会目前实行的制度是机关模式，没有真正组成由资深审查员为主的复审委员会，因此，不能起到真正规范审查标准的作用，其权威性相对于专利局而言也不够。
因此，新修改的
专利法就必须在职权分离主义上明确化，把权利进行合理分配，同时要使实践中的职权分离主义符合设立职权分离主义的意图。
北京市高级人民法院《专利侵权判定若干问题的意见（试行）》中有关多余指定的原则规定在某种程度上挑战了专利权的有效性，也就是专利局授予的专利权的有效性。该意见第50条规定：“适用多余指定原则认定附加技术特征，应当考虑以下因素：该技术特征是否属于区别专利技术方案与专利申请日前的已有技术方案所必须的，是否属于体现专利新颖性、创造性的技术特征，即专利权要求中略去该技术特征，该专利是否还具有新颖性、创造性。”根据职权分离原则，法院民事审判根本无权国文专利性的判定问题，而这里的规定却明显挑战法律指定所适用的职权分离原则。 如果类似问题不在再次修改
专利法或者细则的时候加以注意，那么我们很难维持专利授权的统一性原则，专利局和法院之间对于“三性”判断使用不同尺度，专利权的稳定性也会受到不应该的影响。
