这共同导致人民法院只允许部分自诉案件可以进行调解，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉，而绝大部分刑事案件都由法官作出基于事实的判决结案，所以，控诉方与被告人基本不可能表达法外的意见。[27]
检察院方面，追诉犯罪乃侦控机关不可推卸的义务。在我国，鉴于刑事犯罪与民事纠纷的严格区分，相应诉讼程序的适用原则、价值取向也产生了明显的分离，如民事诉讼注重纠纷的现实解决，因而当事人的处分原则成为诉讼的重要指针；而刑事诉讼重在惩治犯罪、实现国家的刑罚权，因此国家不会轻易放弃追诉犯罪，如刑诉法第83条与第141条规定，公安机关或者人民检察院发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，应当按照管辖范围立案侦查。人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。只是基于司法效益及其他刑事政策的考虑，对某些轻微刑事案件赋予被害人自诉权。
虽然，特殊情况下控诉机关也有起诉裁量权（如刑诉法第140条的证据不足不起诉，第142条的法定不起诉与酌定不起诉），但立法对此作了严格限制，以至于适用范围极为有限。从总体上看，侦控机关对犯罪问题不可为了利益交换而进行自由处分，并且一旦稍加“自由裁量”就可能触犯刑法。[28]所以至少从文本上说，国家追诉主义成为我国刑事司法的基础，
刑法与刑诉法典要求我国侦控机关要像忠实的卫士那样把犯罪嫌疑人交付审判，不可自作主张的中途“变更起诉”。即使检察官根据具体情形可以变更起诉，但由于我国刑法中存在大量转化犯、结果加重犯、结合犯的规定，以及司法实践中约定俗成的对实质数罪的犯罪行为作为一罪处理的现象，比如连续犯、牵连犯以及吸收犯，这使得检察官通过减少罪名或选择罪名而变通起诉的余地大为缩减，[29]而且量刑中的法定从轻、减轻情节很少，量刑幅度普遍太高，这就共同限制了控诉方的实体裁量权，以至于与辩护方协商时往往“无牌”可出。
我国宪法规定，人民检察院是国家的法律监督机关，现行刑诉法第8条也进一步规定，人民检察院依法对刑事诉讼实行法律监督。检察院因此在刑事诉讼中扮演着控诉与诉讼监督的双重角色，而诉讼监督的职责要求检察院必须中立，在保证诉讼程序的公正与严格执法方面，眼里揉不进任何沙子。这就使得控诉机关与被告人协商时左右为难——因为它左手是铁面无私纠察违法乱纪的督导官，右手却想为了更富有效益的履行控诉职能而设法变通，结果必然是左手打右手，将陷于十分尴尬的地步。
现有的审判与公诉制度在制度层面控制了法官与检察官进行司法协商的能动性，同时，辩护方的情况也没有好到哪去。协商性司法的运作必须以被告人具备与控诉方进行对抗的诉讼能力，这样基于实力对等所形成的妥协结果才可能是真实与自愿的，否则协商就仅仅成为压制的代名词。要实现控辩双方对抗能力的基本对等，被告人必须有律师的帮助，而且被告人在协商性司法过程中比传统司法更加依赖律师，但被告人却面临两大困难：一是我国目前不健全的刑事法律援助制度使得很多贫穷的被告人，无法获得律师的法律帮助。[30]即使有幸获得法律援助，但鉴于从事法律援助的律师的水平往往低于其他专业律师，这就使那些贫困的当事人无法真正与控诉方对抗，司法正义因此演变为经济正义。二是司法改革之后律师调查取证更加困难。根据1996年
律师法与
刑事诉讼法的规定，律师的调查取证不再具有强制性而必须要经过被调查单位和个人的同意，这就因取消了律师的官方色彩而纯粹变为民间行为。由于“和为贵”的民间传统，民众一般都不愿意作证或提供证据，又因为辩护方在我国并没有以强制程序取证的权利，最终导致律师调查取证十分困难。两方面的原因共同使得控辩双方由于信息不对称而无法真正对抗，在力量不均衡的情况下，双方的对话换来的也许只是“不平等的协议”。还有，某些律师为了更便捷的营利而不顾被告人的切实利益与控诉方进行“交易”的现象也不得不防，正如我问及广东省一位检察官如何评价辩诉交易在我国的前景时，他的第一反应即为“我们将要挣到很多钱。”
另外，在我国司法并不真正独立的情况下讨论为协商性司法问题还有很大的风险：一是司法过程充满太多法律外的变量与影响因素可能使协商无法进行。比如，现今的检察权在实践中会受到来自多方面的干预。一个案件，只要它在地方有点影响，人大、政协、党委等机关就可能下指示从严惩治，这时，检察机关即使想协议解决案件也已不可能。[31]其二，这也为法律之外的力量侵入司法系统提供了更加有利的口实。[32]这种不无道理的担忧也许会招致公众对协商性司法的抵制。
六、程序正义论的补充：协商、妥协与复合程序
长期以来，“重实体轻程序”成为中国刑事诉讼的主流观念，并将刑事诉讼理解为经验意义上的打击犯罪和惩治犯罪活动，使得刑事诉讼带有明显的行政性治罪活动，从回避、管辖、侦查、起诉、强制措施的设计，到一审法院对起诉罪名的随意变更、二审法院全面审理以及不开庭审理方式、死刑裁判的复核、法院对已决案件的主动再审以及执行中刑罚内容的变更等，都程度不同地存在着行政化甚或准军事化的倾向。[33]为了修复刑事诉讼的“诉讼形态”并能同时解决警察权、检察权、司法权滥用所导致的司法不公正的问题，程序正义理论在刑事司法领域的思考应运而生。
从程序价值的基本模式与基础理论的评介，到程序价值引入刑事司法领域、程序正义独立价值的讨论，以及近期以程序性制裁为核心的诉讼救济体系的研究，截至今天，“程序正义论”的框架在我国已经基本形成。[34]由于追求程序公正的观念与市场追求形式与规则平等的思维不谋而合，因此，严格遵循规则之治的正当程序模式对我国良性法律秩序的形成起了很大的推动作用，并成为刑事司法制度的内在主线。但近年来，该尚处于建构中的程序正义理论、程序正当性却面临着被“积案”摧毁的危险。[35]而这不过是冰山之一角，中国在经过十余年的改革开放后，社会分殊化的程度已相当之高。目前不同社会阶层之间，不同地区之间，乃至同一地区不同“单位”之间的利益都已有极大的差异、矛盾和冲突。[36]面对不断涌现的新的社会差异与社会冲突，规则与事实之间的矛盾在刑事司法领域尤为突出。我们实践中的司法公正与效率之间的紧张却暗示程序的正当性已有危机的征兆，而协商性司法就是对该程序危机的一种弥补。
诉讼的参与者经过自由选择并有意义的参与到裁决的制作中，尤其是让被告人摆脱司法奴隶主义而达到自我决定主义，这是刑事司法的最高境界。在这一过程中，采取的诉讼形式并不限于对抗，协商、对话与合作也是一种司法民主的表达，而且在诉讼进程中十分必要。[37]而传统司法的一贯做法是，控辩双方在对抗的基础上积极参与而影响法官的裁决。法官作出的裁决无论在法律规范的角度如何权威，但由于它毕竟不是合意的产物，所以如果仅仅适用单一的非合意模式，可能会造成“正义的专制”。
由于协商性司法能让控辩双方在现实地考虑自我利益的基础上，通过对话与协商，达成双方都满意的处理结果。这种司法不仅为正义的多面性提供了现实基础，避免了单一正义的不足，并且能缓和基于“事实”与“规则”之间的矛盾而产生的程序公正与实体公正的紧张关系。
程序公正与实体公正的矛盾由来已久。因为案件事实非常复杂且相互之间有很大差异，而规则是一刀切的，这样，所有案件按照单一的程序规则进行必然会使某些案件的当事者不满意。关于事实与规则的矛盾，哈贝马斯曾比较早的提出过解决方案。西方近代以降的飞速发展，导致后工业社会宪政体制下的民主政治、福利国家等受到前所未有的质疑，引发了一系列的危机。哈贝马斯针对此现象认为，在交往过程中通过对话与理性协商来获取民主是解决危机的有效方法。在法律领域，实在法已不再从更高等级的道德律法中获取其正当性，而仅仅能从推定的理性意见与意志形成的程序中获得其正当性。······ 只有以下的规定与方法才能称的上合法：得到全部可能的相关者同意，而且他们均参与了理性的对话与论证。[38]而该思路与协商性司法的理论支撑相暗合，因为协商性司法的主旨就是在对抗性的刑事诉讼中展开有实质意义的对话，在协商中形成处理意见，以此弥补刑事司法程序正当性的不足。
