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尽管WTO的争端解决机制不同于1947GATT的争端解决机制，但作为1947GATT特征的谈判，并没有从1994GATT中消失。总法务官Cosmas在Affish案中的意见中认为DSB的准司法性可能会被WTO协议的第9条所抵销了，因为部长会议和总理事会——作为所有成员参加的政治性机构——有解释WTO协议的专有权限。[62]
除此之外，欧洲法院拒绝给予1994GATT直接效力仍然有其他方面的原因：
(1)在个人利益和共同体利益的平衡方面，欧洲法院更注重保护共同体的利益。
否决GATT的直接效力将使得个人借助GATT规则来挑战共同体立法的合法性成为不可能。总法务官Tesauro在Hermes International案中争论到承认直接效力应当与对等原则的适用结合起来。如果共同体承认了WTO协议的直接效力而其它WTO成员不这样作，那么与第三国竞争者相比，共同体个人将处于劣势。因为第三国竞争者可在共同体成员国援引WTO的规则，而共同体个人在第三国则不能援引WTO协议。
但是，这样的争论并不具有说服力。欧洲法院在Kupferberg案[63]中指出：协议缔约方一方的法院认为某些协议条款能够直接适用而另一缔约方的法院持相反看法，这本身并不说明协议的实施缺乏对等。否决1994GATT的直接效力反映了欧洲法院更加注重共同体的利益。
事实上，由于共同体条约优于GATT，排除GATT的直接效力也意味着成员国法院不能适用GATT规则来审查成员国国内法，而应当根据共同体条约。这就使保证了共同体条约的实施优先于GATT。欧洲法院毕竟是欧洲共同体的法院，而非WTO/GATT的法院，对GATT规则进行解释并非其任务。
(2)欧洲法院要让共同体充分利用WTO协议，即使共同体违背了相关规则。
如果在GATT的专家组裁定共同体违反GATT规则之前，欧洲法院就要求共同体撤销其违背GATT的措施，这样共同体就会被剥夺对其措施引起的损害进行补救的权利。也就是说，法院根据直接效力作出的裁决将使撤销违背GATT规则的措施成为唯一的救济方式，从而否认共同体有权对其违背GATT义务的作法作出补偿。这将限制共同体政策的决策。由于GATT规则具有广泛的经济影响，限制共同体的决策或者限制共同体作出补偿，也会不利于GATT的运行。[64]
事实上，这是欧洲法院对1947年争端解决机制态度的延续。在1947GATT下，争端缔约方可以阻止专家组报告的通过。如果1947GATT具有直接效力，则共同体个人就可要求欧洲法院作出共同体规则违反GATT规则的裁决，而欧洲法院也有权这样作。在欧洲法院判定共同体规则违反GATT的情况下，共同体应当履行欧洲法院的判决，从而共同体就不能再通过阻止专家组报告通过的作法进一步与其他缔约方谈判。
(3)欧洲法院的裁决考虑到了共同体关于WTO/GATT直接效力的态度。
共同体委员会反对WTO/GATT具有直接效力。共同体委员会认为，直接效力意味着自然人、法人可在国内法中援引WTO协议。美国和共同体的其它许多贸易伙伴已经明确表示不给予WTO协议直接效力。如果不明确在共同体中排除WTO协议的直接效力，共同体和其它国家在履行义务方面就会存在严重的不平衡。[65]
在笔者看来，共同体及其成员国在WTO/GATT中的特殊地位也是欧洲法院拒绝给予GATT直接效力的一个因素。在1947GATT中，共同体并非法律意义上的缔约方，共同体成员国是缔约方。在WTO中，共同体和其成员国都是法律意义上的WTO成员。1947GATT只涉及货物贸易，而WTO则涵盖货物贸易、服务贸易和与贸易有关的知识产权。在1947GATT框架下，欧洲法院都不给予其直接效力，更何况更为复杂的WTO体制。根据欧洲法院的第1/94号意见，在服务贸易和与贸易有关的知识产权领域，共同体和成员国享有共享权限。这不同于单纯的1947GATT下的货物贸易法律框架，这意味着成员国的利益不容忽视。如果给予WTO协议以直接效力，则直接影响成员国对WTO协议实施的自主权。
在Portugal v. Council案不久，WTO的一个专家组在其关于美国1974年贸易法第301－310节的报告中也表明了其对1994GATT的意见：“在直接效力原则下——该原则在共同体法律体系中广泛存在并且存在于特定的自由贸易协定中——成员国应负的义务被解释为可为个人创设可执行的权利和义务。无论是GATT还是WTO，从来没有被GATT/WTO的机构如此解释为可产生直接效力的法律制度。因此，GATT/WTO并没有为其缔约方或成员以及其国民创设新的法律秩序”。[66]
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