中央与地方关系上存在的问题不仅表现为各种形式的地方保护主义，而且还表现为各种形式的享有经济优惠权益的“地方经济体”。在我国单一制国家结构中，存在着少数民族自治区、经济特区、沿海开放城市、数目众多的经济开发区等适用某些特殊经济政策的区域。这些区域中相关经济、财政、投资、进出口政策和制度，例如许可制度、价格、税收优惠制度等等，都与国内其他地区存在某种程度的差别。在WTO背景下，这些地域性经济政策上的差别对待与“国民待遇”原则可能会有一定的抵触。《中国议定书》专门就这些特殊经济体作了规定，[7]我国政府也承诺统一相关经济政策，保证在这些地区国民待遇原则的落实。
中央政府与地方政府关系问题是
宪法基本问题之一。由于我国各地区在历史、经济、文化等方面的差异，我国宪法处理中央与地方关系采用了原则性与灵活性相结合的做法。这些做法无疑有历史与现实的合理性，但是不应当与我国所承担的国际义务相抵触。我们认为，WTO协议所要求的国民待遇原则以及法律统一实施，为我国进一步明确中央与地方关系提供了一个契机。一方面，我们有必要进一步明确中央政府对重要经济政策独占性的事务管辖权，诸如投资与贸易政策，税费政策,金融政策等；另一方面，确有必要由地方政府根据本地需要而制定的一些管制性规范和政策，可以由地方作出规定，但是必须做到：（1）这些规定必须按照透明度原则的要求进行公开，并且履行有关的“通知”义务（notification）；（2）中央政府应当对某些被认为造成歧视的地方性政策进行及时有效的审查；（3）在实施地方性政策的区域内保证国民待遇原则落实。[8]
(二)法律与政策的统一实施问题
保证WTO协议在成员国国内的统一实施,是世界贸易组织对其成员国政府的一项基本要求。由于WTO成员国都代表一国的中央政府，因此在很大程度上，WTO协议所要求的统一实施问题，就是中央政府如何保障WTO协议在该国国内的各区域都得到统一的实施。这一问题与前面所探讨的中央与地方关系有紧密联系,但也有区别。中央与地方关系是解决法律统一实施的前提性问题,而统一实施问题关注更多的是具体制度.
WTO 协议以及《中国议定书》和《工作组报告》所规定的统一实施,可以概括为以下几个具体要求： (1)WTO协议的规定应当在整个关税区(customs territory)内得到统一落实；(2)中央与地方的有关法律、法规和措施应当以一种“统一（uniform）、公正（impartial）和合理（reasonable）的方式”得到实施；（3）地方性法规 , 规章以及措施必须与WTO协议的要求相一致；（4）对于法律实施过程中“不统一”（non-uniform）的情形，中央政府应当有一套机制进行及时的审查。[9]这些要求对我们来说仍然是一个不小的挑战。由于我国各地区经济发展和开放程度差别很大，法律与政策的统一实施可能有一定的难度，但是，为了保证我国政府对世界贸易组织所承担的义务在整个关税领土内得到统一落实，也为了进一步推动国内市场完善，建立起保障统一实施的机制不仅是必要的，而且也是可能的。
为了保障WTO协议统一实施的国内法律制度，至少需要逐步完善以下三个方面内容：第一，法制统一和对地方立法的监督审查制度。WTO协议需要通过中央层面上的立法而落实，地方立法应当与中央立法保持一致。虽然我国宪法对法律、法规、规章之间的关系和效力等级作了一些原则性规定，[10]并且《
立法法》进一步规定了地方立法与中央立法发生抵触时的有关冲突解决规则，[11]但实践中地方立法与中央立法的冲突仍很常见。实际上，在多层级立法体制下，法律规范之间发生冲突是不可避免的。因此，对于确保法制统一而言，重要的是加强事先审查和事后监督的法律机制。应当说，《
立法法》在这两方面都做了一定的努力，建立了备案与违法审查制度。但是实践中法律冲突问题仍严重存在，且有进一步发展的趋势，这说明这两项制度的实际效果并不理想。我们应该以加入WTO为契机，尽快完善对立法，特别是对地方立法的合法性审查机制，建立一套及时有效的可操作的法律监督审查制度。
