第一，高法、高检同时行使司法解释权造成审、检冲突，不利于我国的法制统一。
我国宪法规定，审判机关与检察机关是两种职能不同的机关。审判机关的职能是行使国家的审判权，而检察机关的主要职能是对刑事案件的侦察监督权和公诉权。二者职能上的不同决定了二者在行使法律解释权时对同一问题往往产生不同的理解，进而可能作出不同的解释，造成法律解释的冲突。如：1995年2月，全国人大常委会作出《关于
惩治违反公司法的犯罪的决定》公布实施后，最高人民检察院于1995年11月发布了《关于
办理公司、企业人员受贿、侵占和挪用公司、企业资金犯罪案件适用法律的几个问题的通知》。同年12月，最高人民法院又作出了《关于
办理违反公司法受贿、侵占、挪用等刑事案件适用法律若干问题的解释》。在这两个司法解释中两高在罪名设定、定罪数额标准和犯罪主体范围界定等方面的不一致，给司法实践带来极大困难。如高检的通知将罪名解释为受贿罪和商业受贿罪，高法对罪名的解释则为挪用公司资金罪和挪用资金罪。高检对挪用资金罪状的解释将5千元至1万元以上确定数额较大，而高法的解释则是挪用1万元至3万元以上为数额较大。对犯罪主体的范围，高检对国家工作人员的解释较宽，把不具有国家工作人员身份，由政府委派到国有企业的人员都作为犯罪主体对待。而高法的解释则为在公司企业中行使管理职权，同时必须有国家工作人员份的人员才能成为犯罪主体。很显然，这两种解释适用的结果就极可能导致检察院认为有罪的，法院则认为无罪，这对维护刑事案件嫌疑人的正当权利，保护社会秩序的稳定性都会产生极其负面的效应，甚至使检察院本身陷入“枉法者”的可笑境地[18]。
实际生活中，由于高检和高法所做的司法解释事实上仅在其本系统内有约束力，这已经造成了法律适用上的混乱和不统一。
第二，高检法律解释权主体地位的正当性引发司法解释主体的正当性危机。
在我国司法解释体系当中，检察机关能否作为一元解释主体一直存在着许多争议，原因在于，检察机关的性质一直以来无法在理论上和现实中作出准确定位。检察机关虽然被视为行使司法权的国家机关，但是从其性质上看，检察机关又并非严格意义上的司法机关，“由一个非司法性质的国家机关来进行司法解释是合法而不合理的”。[19]另外，从检察机关的职能看，检察机关在行使法律监督权和行使侦查权、公诉权的前提下，又由其来进行司法解释，显然有悖公正原则，理由在于：检察机关作出的司法解释依照上述人大常委会的决议应该具有法律约束力，这种约束力的范围是仅仅及于本机关和本系统？还是也及于审判机关？这个问题非常重要。因为，当行使公诉权的检察机关取得司法解释权后，它自己所做的司法解释必然会成为它侦查案件和公诉案件的依据。如果检察机关所做的司法解释对审判案件的审判机关也具有约束力，岂不是要求审判机关依照检察机关的“法律”去裁判案件？审判机关这样来裁判案件还有何公正可言？
