在专利和其他知识产权的国际协调方面，TRIPS所确立的两个重要新原则是“最惠待遇”和有关贸易的知识产权争端解决机制。
“最惠国待遇”指在知识产权保护问题上，“任何缔约方对另一国国民所给予的利益、特权、豁免应立即无条件给予其他国家的国民。”TRIPS 第4条规定了“最惠国待遇”条款。
有关争端解决机制，由于协议存在的目的就是解决有关贸易的知识产权问题，因此，协议事实上把知识产权争端纳入了贸易争端的解决体系中，使之成为贸易问题的一个组成部分。TRIPS在序言中声明，“强调通过多边程序达成强有力的约定以解决与贸易有关的知识产权问题的争议，从而减少紧张局势的重要性”。在64条规定，“关税与贸易总协定的第二十二条和二十三条，以及关于关贸总协定第二十二条和第二十三条争端解决的规则和程序的协议，（被缔约方采用）应适用于本协议下争端的磋商和解决，例外情况除外。”
相对于PCT来讲，我们可以看出，TRIPS对于专利的一体化的主要贡献之一是，它提出了对WTO成员国的专利制度的最低标准要求，在这一标准的基础上使WTO成员对专利的保护达到了一致，从而在世贸组织范围内，强化了从国内法角度对专利的保护。协议的第一部分明确规定，“缔约方应确保使协议的规定生效，缔约方可以，并非必须，在他们本国法律中实施比本协议要求更广泛的保护，只要这种保护不违反本协议的规定。”WTO各缔约方除了部分符合过渡期安排的国家外，都要立即按照上述条款调整自己的专利法规，以达到上述协议所要求的标准。协议确立的新标准扩大了专利保护的客体、期限、权能，限制了政府强制许可、专利局对专利无效、撤销行政权利，同时，又从司法角度加强了权利人的地位，还引入刑事手段，加大了打击假冒的力度。
TRIPS确定的最惠待遇条款，从一定程度上减少了国家间、地区间的多边和双边谈判，较之于《巴黎公约》所确定的“国民待遇原则”，这一机制显然更便于解决国家间和地区间的知识产权问题。“国民待遇条款禁止一个成员国把自己的国民与其他成员国的国民区别对待，最惠国待遇条款禁止在其他成员国之间进行区别对待。” 当然，由于实行最惠待遇有例外的限制，因此，最惠待遇条款实际上是有条件的最惠待遇，是限制性最惠待遇。这一原则并没有“一劳永逸地解决同某个或某几个国家的（关于知识产权的）贸易谈判问题。”
尽管以往的国际间知识产权协议的形成同样是基于工业和贸易，但由于只有TRIPS在历史上第一次将知识产权保护标准直接同贸易制裁机制挂钩，因此，我们认为，TRIPS本身的意义不仅仅在于对专利保护制度提供了更多的东西，更重要的意义在于它在国际上（现在是WTO成员间）建立了一种具有事实上强制力的知识产权保护国际体系。世贸组织争端解决机构（DSP）可以在一个可行的体系内决定贸易报复，该系统“实质上”有“相对多的司法权”。“政府之间有争端，这些争端包括义务是否被执行，在实质性标准或国内执行方面是否遵从于世界贸易组织的统一争端解决机制。在原有的国际法中并没有提供任何让一个政府相信另一个政府履行义务的有效方法，因此这是一个重要的发展。” 有材料表明，“到1997年6月，已有欧盟、美国、日本等国向世贸组织投诉其他成员国知识产权保护状况，违反“《与贸易有关的知识产权协议》的纠纷已有十多件，并已裁决四件。” WTO各成员国的
专利法必须在TRIPS标准上达成一致，否则，由于前述贸易争端解决机制的存在，就有可能因为专利保护问题在国际贸易中受制于多边贸易制裁体系。
三、有关专利保护的最新国际协定
在世界知识产权组织以及许多地区和国家间也存在不同于上述两条约的各种协定，同时也有以其他形式存在的新的框架。这里讲的所谓“不同”和“新”主要是指在专利的国际保护、建立世界专利的路上走的更远一些体制。
当前值得注意的关于专利的国家间、地区间协定主要有1973年的欧洲专利公约、
专利法条约（PLT）、欧亚专利公约（EAPC）、非洲地区工业产权组织（ARIPO）、非洲知识产权组织（OAPI）以及美日欧三方京都备忘录等。其中较为有影响的或即将起到重要影响的协议主要是欧洲专利公约、PLT、EAPC以及三方京都备忘录。
