1、《通知》内容是涉及到外资、外汇、工商登记等问题，按照职能分工和常规，外资项目的批准立项有一些属于原来的国家计委、经贸委负责，外资项目的章程、合同审批以及外商投资企业批准证书的核发等则属于以前的外经贸部负责、外汇属于国家外汇管理局主管、工商登记属于工商总局主管，现在《通知》的规定在操作中很可能涉及到这些部门的主管事项，但是《通知》制定中有没有与这些部门进行沟通核协调还不是很清楚（这些部门不是不是发文单位，向外商转让上市公司股份涉及的一些事情以前文件也均没有具体规定），那么理论上这些部门可以对《通知》在本部门管辖事项内的效力提出质疑，在进行工商登记变更，外汇汇出、外资项目审查等的时候并不是会一帆风顺的。
例如：本通知规定向外商转让股份后，上市公司不享受外商投资企业待遇，那么这个上市公司到底是否算是外商投资企业《通知》没有明确，在时间中可能会出现需不需要按照目前有关外资企业的规定到主管部门进行审批、不是外商投资企业那么应该按照什么规定将外国投资者的投资受益汇出境外、工商进行变更登记是按照外资企业进行登记还是按照内资企业呢问题等一系列疑问。
在今年四月份《
外国投资者并购境内企业暂行规定》开始实施之后，有观点认为外资并购是外商直接投资的形式之一，因此外资并购上市公司中涉及到的外资、工商、外汇等方面的问题可以在这个文件中寻找解决方法，但这种观点还需要实际操作的验证，也有赖于有关主管部门的协调。此外，由于这几个规定的颁布部门和出台时间不同，其间存在一些不甚一致的地方。例如就待遇问题，《通知》规定不享受外资企业的待遇，而综合《
外国投资者并购境内企业暂行规定》、《
关于加强外商投资企业审批、登记、外汇及税收管理有关问题的通知》等的规定，向外商转让境内企业股权（从涵义上看是包括向外商转让上市公司国有股和法人股的）应当按照外资企业的手续来进行审批和管理，遵守外资相关的法律法规并行相应的手续，在待遇的享受方面有一定条件，而并非一概不给予享受优惠待遇的机会。
2、虽然允许向外商转让非流通股，但是国内上市公司的股权结构一定程度上增大了外资购并的成本，因为外资一般对流通股比重大的上市公司更感兴趣。受历史因素的影响，我国上市公司中的非流通股股东较多处于控股地位，国有股和法人股在总股本中所占的比例平均超过50%，这使得外资要成为上市公司中控股股东比较困难，如无法影响董事会和公司的经营决策，则外国投资者对收购的兴趣就会减弱。
