即便政府在一定程度上对患者的医疗费用负有财政责任，那么这费用到底应该由地方政府负担还是中央政府负担？如前所述，中央与地方在现行财政模式下并未明确界定财政支付的责权范围，《
传染病防治法》也没有针对传染病防治的财政责任作具体规定。
4月20日卫生部副部长高强的新闻发布会披露了“萨斯”疫情未得到有效控制的真实情形，于是各地正式进入突发性公共卫生危机防治和处理阶段。然而，各级政府在财政责任上的反应不一，所确定的责任范围也大相径庭，出现了较大的分歧。卫生部发言人接受媒体采访时表示，《
传染病防治法》并未规定政府应当支付传染病的治疗费用，政府只能对无力承担者进行补助。财政部4月23日公布成立20亿元“非典防治基金”，除用于医疗设备和条件的改善以及提供医疗人员的补贴外，其用途之一也仅仅是“对无力承担医疗费用的病人进行医疗救助”。[14]直到5月1日，4部委联合发出了“
关于非典型肺炎患者和疑似病人缴纳救治费用有关问题的紧急通知”，规定对医疗费用采取各级财政统筹和对无力承担者提供救助的模式，各省对医疗费用上采取的财政措施大多属于这种辅助性救助。疫情最重的北京市则主动对本市所有“萨斯”病人采取了非个人承担的行政措施，要求患者所在单位、同级财政和各类社保基金合力为病人支付医疗费用。[15]在其他省市，只有疫情并不严重的湖北省宣布全部由政府提供免费治疗。该省在中央拨款之外再拿出2，000万元建立了“非典”防治基金，宣布治疗“非典”病人（包括疑似“非典”病人）一律免费，由各级政府“统筹解决”。[16]
有人提出，要求中央财政负担医疗费用的理由之一是时间紧迫，“中央政府可以在最短时间内作出可信的承诺，而地方比较迟缓”[17]，这是迷信中央政府行政效率和利益立场的典型表现。名义上代表全国整体利益的中央政府是否就比北京市或湖北省更关心当地的疫情？“中央财政负担说”和一切推崇中央集权体制的理论，其实都是建立在一个对此作肯定答复的假设之上。事实上，中央财政迄今也未作出学者们建议的财政承诺，仅仅只有北京市和湖北省政府作出了力度最大的承诺，这是因为地方分殊利益造成了制度选择上的不同偏好。
“萨斯”的传染性意味着病人与非病人之间的“外部性”关系，但这里还存在着疫区和非疫区之间的“外部性”差异。由于目前“萨斯”病的爆发和传播就全国而言仍然是区域性的，绝大部份病人集中在北京和广东两地，传染性（即“外部性”）必然随着地域距离的扩大而减低；也就是说，“萨斯”病人对北京市民所具有的危险性，和对于非疫区或疫情极度轻微的地区而言，其程度有天壤之别，因此疫区与非疫区对政府财政负担甚至中央财政负担的迫切要求也大相径庭。事实上，许多省份只需要严格控制外来人员，甚至为了本地利益对外地尤其是来自疫区的人员采取扩大化甚至一刀切的强制隔离措施，就可以基本上免除危险。这些省份对类似行政措施的迫切要求会大大高于要求中央财政分担负担的需求。因此，中央财政若负担防治费用，这基本上是一个让极少数疫情严重的省市受益的公共政策；而这几个省市（尤其是北京和广东）恰恰是全国地方财政力量最雄厚的地区之一。在此背景下不积极诉诸地方政府财政，相反却呼吁中央财政，实际上是提出了一项极不公平也并无效率的公共政策，是被中央财政和中央集权的传统所误导的思维迷误。
