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同时，侵犯商业秘密的犯罪在当前呈现出一些与高科技结合的新的趋势，如出现了利用网上电子信箱盗窃商业秘密等新的犯罪手段，办理这些案件中，同样应当注重及时采取查封、扣押等措施固定证据。对于新型的网络犯罪，还应当积极探索，通过公证、制作检查笔录、恢复破坏的程序等方式进行证据的保全固定，为查证、认定犯罪服务。
（三）注重运用专业部门的鉴定、意见获取定罪证据
商业秘密几乎涉及到社会上各行各业，有些行业具有相当的专业性，面对行业划分日益精细的今天，侦查人员不可能仅凭自身完成揭露犯罪、证实犯罪的任务，所以在查证犯罪中，应当注重请相关行业的专家、专业机构协助侦查。协助侦查的方式可以多种多样，可以是发表咨询性意见，也可以是直接由专家运用现代科技手段来证明犯罪事实，还可以是运用现代分析测试仪器作出鉴别、鉴定结论等等。 在侵犯商业秘密的犯罪案件中，侦查的难点在于商业秘密的认定和侵权损失的界定，侦查人员应当掌握有关的商业秘密界定等方面的法学知识，但这并不排斥专业的鉴定，尤其是在案件发生认定困难时，应当 通过专业部门的鉴定，以鉴定结论作为认定依据。专业部门的鉴定、意见既解决了难点问题，又证明了案件事实；同时，在办理侵犯商业秘密犯罪案件以及经济犯罪案件中，由于犯罪案件和经济纠纷在认定上的难点，一直困扰着公安部门打击经济犯罪的工作，通过专业部门、专业人员的协助，可以使公安部门的认定更为扎实、工作更为主动。
（四）采取适当的侦查措施，保守商业秘密，维护权利人的合法权益
商业秘密是以秘密状态为必要，以此给权利人带来经济利益，商业秘密的这一特殊性，要求侦查人员在侦查取证中，应当采取适当的侦查措施，树立为当事方保守秘密的意识，切实维护当事方的权益，防止因措施不当造成权利人难以挽回的损失。应当采取的措施包括制定侦查人员的保密责任，在卷宗材料上写明“加密”，必须采用侦查实验的措施时应当在人员、场所等方面采取措施，防止因此而导致商业秘密的二次泄露，等等。同时，在向有关当事人进行询问时，可能会隐瞒甚至拒绝提供有关情况，侦查人员应当通过细致、严谨的工作解除有关人员的顾虑，完成侦查任务。
（五）开展侦查协作
这里的侦查协作既包括公安机关内部之间的协作，也包括公安机关与外部的协作。负责查办侵犯商业秘密犯罪案件的经侦部门同公安系统中的刑侦、技侦、治安管理、出入境管理、边防、国内安全保卫等部门以及其他地区的经侦部门进行协调配合的，是内部协作；由于侵犯商业秘密的犯罪案件在犯罪的实施地、结果地上往往跨省、跨地区，经侦部门之间的侦查协作在办案中相当普遍，实施侦查协作应当注意符合程序。经侦部门与公安机关之外的政法机关、政府职能部门以及非政府性的其他组织之间的协调配合是外部协作；在实践中，侵犯商业秘密犯罪的案件来源除了当事人的举报外，还有大量的线索来自于行政机关的查处过程中移送来的，所以要积极认真地与移送案件的行政机关或其他单位搞好协作，在以后的侦查中充分取得他们的支持。
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