（二）侵犯商业秘密的自诉案件与公诉案件
1、根据最高人民法院1998年9月8日《关于
执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》中的规定，被害人有证据证明的轻微侵犯商业秘密的刑事案件属于自诉案件。
由于侵犯商业秘密犯罪案件的技术性、专业性含量较高，同时也是为了防止商业秘密、有关信息的泄露、扩散，保护权利人的利益，因此规定一般的侵犯商业秘密犯罪案件为自诉案件，由当事人直接向人民法院起诉，公安机关不应主动介入。
2、对于一般的侵犯商业秘密的犯罪案件，被害人向公安机关控告的，或者经人民法院审理认为证据不足、移送给公安机关的，公安机关应当受理，作为公诉案件进行立案侦查。
被害人认为有能力自行调查取证，足以保护自身合法权益，应当允许被害人采取自诉的形式；如果案件涉及面大，犯罪手段比较隐蔽，被害人履行举证责任比较困难，需要公安机关介入、采用专门的侦查手段查证的，应当允许被害人向公安机关请求司法救济。
3、严重危害社会秩序或国家利益的侵犯商业秘密犯罪案件，对被告人可能判处三年有期徒刑以上刑罚的，属于公诉案件，由公安机关立案管辖。
由于侵犯商业秘密犯罪案件可能作为自诉案件处理，实践中有些地方公安机关在受理该类案件的报案后，告之当事人如果不能提供足够的证据证明嫌疑人的犯罪，公安机关就不予立案。这种做法是十分错误的。我们反对在证明责任上公安机关作不适当、甚至是错误的转移，严重危害社会秩序或国家利益的侵犯商业秘密的犯罪案件，应当由公安机关进行侦查，根据我国刑事诉讼法和有关法律的规定，在刑事公诉案件中，由公、检、法机关承担证明责任，这个原则不能够作任何的突破。
四、侵犯商业秘密犯罪案件的侦查方法
（一）从与被害人有竞争关系的单位或个人入手，发现犯罪嫌疑人
侵犯商业秘密的目的一般很明确，就是要在竞争中占据优势从而获取利润，或削弱对方使对方利益受损；所以，实施这种犯罪的行为人结构范围相对较小，大多数都是与商业秘密权利人有竞争关系的单位与个人，这些单位、个人通过非法使用他人的商业秘密使他人利益受损，自己谋取不法利益。所以，可以从与被害人有竞争关系的单位或个人入手，发现犯罪嫌疑人。以这种方式发现犯罪嫌疑人也是可行的，因为侵犯商业秘密作为刑事案件查处的，损失已经实际造成，导致权利人利益损失的对方主体多数已经出现，侵权产品大都已经显露，从而可能通过特定范围内进行排查，确定犯罪嫌疑人。
