由于众多足协内部机构都拥有纪律处罚权与纠纷处理权，在实践中发生争议时，往往容易产生职权交叉，含混不清的情况，而当事人不服处理决定的，往往投诉无门。
　　（二）处罚与纠纷处理程序问题上存在诸多缺陷
　　1．审级设置
　　目前中国足协内部的纪律处罚程序与纠纷处罚程序的审级设置不太明确，当事人可以上诉或申诉的次数也不太清楚。根据《中国足球协会诉讼委员会工作条例》的规定，对中国足协纪律委员会以及其他委员会的处罚决定不服的，当事人可以向诉讼委员会申诉，但是《中国足球协会纪律委员会工作条例》第16条的规定，有些纪律委员会的处罚决定当事人是不能申诉的，因此，对这些处罚决定的相对人而言，只有一次处理的机会，没有申诉的权利。对于那些诉讼委员会可以受理的申诉，《中国足球协会诉讼委员会工作条例》第3条规定，一般由其作出最终裁决，因此，对此类处罚的处理程序是两个审级。但条例该第3条与第21条又规定“重大或特殊的案件由中国足协常务委员会决定处理”，因此，这又是三个审级的规定，并且“重大或特殊”到底由诉讼委员会自由裁量还是由常务委员会裁量，也不清楚。
　　此外，对于普通纠纷（主要是注册、转会、参赛资格、雇佣合同等等方面的纠纷），《中国足球协会诉讼委员会工作条例》第4条规定，由诉讼委员会裁决，根据《中国足协章程》第87条的规定，诉讼委员会的裁决一般是最终裁决，有一些又可以向足协常务委员会申诉，因此，在普通纠纷处理程序上，分别有一个审级程序与两个审级程序的不同设置。
　　总之，在中国足协内部的纪律处罚程序与纠纷处理程序中，有一个审级的设置，也有两个审级的设置，还有三个审级的设置，这在实践中可能会造成混乱局面，并且对当事人而言，审级利益的保障不一致，违反了“规则面前人人平等”的公正原则。
　　2．纪律处罚机构与纠纷处理机构的人员组成
　　首先是中国足协纪律委员会与诉讼委员会人员由谁产生的问题。根据《中国足球协会章程》第36条的规定，中国足协主席会议（由足协主席、专职副主席、秘书长、司库组成）有权确定中国足协纪律委员会与诉讼委员会的负责人与成员；而根据《中国足球协会纪律委员会工作条例》第5条的规定，纪律委员会的全部人员（包括主任、副主任、委员），应当由足协常务委员会确定；根据《中国足球协会诉讼委员会工作条例》第20条的规定，诉讼委员会的全部人员亦应当全部由足协常务委员会确定。并且目前的《中国足球协会纪律委员会工作条例》与《中国足球协会诉讼委员会工作条例》都是由中国足协常务委员会修订的。到底纪律委员会与诉讼委员会的成员组成应当由谁确定？根据足协章程第35条与36条，足协主席会议与常务委员会的组成人员不同（常务委员会由足协主席、专职副主席、副主席、秘书长、司库组成），性质、职权也不相同（常务委员会是足协的权力机构中国足协全国代表大会的常设机构；而主席会议是足协的执行机构），并非“一套人马，两块牌子”。一方面，足协章程是足协的“基本法”，两个条例是“普通法”，根据“基本法优先于普通法”的原则，应当是章程规定效力高，似乎应由足协主席会议确定两委员会的人员；另一方面，足协章程是1996年通过的，两个条例是2000年通过的，根据“后法优于前法”的原则，条例的效力似乎应当优先；此外，章程是规范一般事务的“一般法”，两个条例是规范特殊事务的“特别法”，根据“特别法优于一般法”的原则，两个条例的效力也应当优先，即由足协常务委员会来确定纪律与诉讼委员会的组成人员。实践中，两委员会的人员组成到底是由谁确定的，我们并不清楚。

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