在台湾地区，领有管制药品登记证的机构或从业者如果需要销毁管制药品，应申请当地卫生主管机关核准后，会同该卫生主管机关进行。领有管制药品登记证的机构或从业者调剂、使用后的残余管制药品，应由其管制药品管理人会同有关人员销毁，并制作纪录备查。
　　管制药品减损时，管制药品管理人应立即报请当地卫生主管机关查核，并自减损之日起七日内，将减损药品品量，连同当地卫生主管机关证明文件，向管制药品管理局申报。如果管制药品的减损涉及失窃、遗失或刑事案件，应提出向当地警察机关报案的证明文件。
　　领有管制药品登记证的机构或从业者，应于业务部门设置簿册， 详实登载管制药品每日的收支、销毁、减损及结存情形。所登载的情形，应依卫生主管机关规定的期限及方式，定期向当地卫生主管机关及管制药品管理局申报。
　　九、管制药品机构的撤销、注销和停业
　　在台湾地区，领有管制药品登记证的机构或从业者，其开业执照、许可执照、许可证等设立许可文件或管制药品登记证受撤销、注销或停业处分时，应依下列规定办理：
　　（一） 自受处分之日起十五日内，将管制药品收支、销毁、减损及结存情形，分别向当地卫生主管机关及管制药品管理局申报。
　　（二） 簿册、单据及管制药品专用处方笺，由原负责人保管。
　　（三） 受撤销、注销处分者，其结存的管制药品，应自第一款所定申报之日起六十日内转让予其它领有管制药品登记证者，并再分别报请当地卫生主管机关及管制药品管理局查核，或报请当地卫生主管机关会同销毁后，报请管制药品管理局查核。
　　（四） 受停业处分者，其结存的管制药品得依前款规定办理或自行保管。
　　在台湾地区，领有管制药品登记证者，其申请歇业或停业时，应依下列规定办理：
　　（一） 将管制药品收支、销毁、减损及结存情形，分别向当地卫生主管机关及管制药品管理局申报。
　　（二） 申请歇业者，应将结存的管制药品转让予其它领有管制药品登记证者，并报请当地卫生主管机关查核无误，或报请当地卫生主管机关会同销毁后，始得办理歇业登记。
　　（三） 申请停业者，其结存的管制药品需按照规定办理或自行保管。
　　在台湾地区，当地卫生主管机关于核准歇业或停业或受理申报后，应尽速转报管制药品管理局。领有管制药品登记证者不再从事管制药品业务，且其管制药品已无库存者，可以附上管制药品登记证及管制药品收支结存资料，向管制药品管理局办理管制药品登记证的注销。第一级、第二级管制药品不得借贷、转让。但依上述规定进行转让的不在此限。
　　十、政府对管制药品的稽查

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