根据鉴定原理，在刑事诉讼中，有权决定鉴定的只能是司法机关。犯罪嫌疑人和其亲属有提出鉴定要求和申请重新鉴定的权利，而没有自己决定鉴定的权力。在司法实践中，司法人员应很好地把握这一原则，对于犯罪嫌疑人及其亲属提出的鉴定申请或要求应进行认真的审查，认为申请、要求合理的，理由正当确需鉴定或重新鉴定的，由司法机关依法指聘鉴定或重新鉴定；经审查认为不需要鉴定或重新鉴定的，则驳回请求、要求，并告知其理由，而不应让犯罪嫌疑人、亲属及辩护人选择鉴定部门、鉴定人，以避免不必要的麻烦，给案件处理带来不利的影响。
　　3）侦查、审判部门的自侦自鉴、自审自鉴。自侦自鉴、自审自鉴是违背法制原则的违法行为，但是在司法实践中还很普遍。尤其是在司法会计工作中，由于很多人不了解司法会计工作，认为“司法会计”无所不能，司法会计技术人员既可以参与案件的侦查活动，又可以进行鉴定活动。实际上，就刑事诉讼的侦查阶段来讲，如果司法会计专业技术人员参与了侦查活动，参与了讯问、调查取证工作，进行了查帐、查物工作，那么，该司法会计专业技术人员从实质上讲已经是一个侦查人员了，他所进行的活动是侦查活动，这就象一个懂电脑的侦查人员对计算机犯罪案件进行侦查一样，只是具有某一个方面的专业知识，其活动是侦查活动。这种情况下，如果案件需要进行司法会计鉴定，该司法会计专业技术人员则不具备鉴定主体的法律要求，而应另行聘请鉴定人员来进行鉴定。这是一个法制原则。在另外一种情况下，如果司法会计专业技术人员受指聘参加了查帐、查物工作，进行了司法会计检查活动，那么在这个案件中如果需要进行鉴定，该司法会计专业技术人员仍可以进行鉴定，这符合法律的要求。因为其虽然参与了查帐、查物，但其活动是在侦查人员的主持下进行的，是以自己的专业知识为侦查人员提供司法会计技术协助，他本身在案件中无侦查权、调查权，不是侦查主体，所以他作鉴定是合法的。
　　在司法实践中，应明确区分进行司法会计检查和司法会计鉴定的主体，严格把握“侦鉴分开”、“审鉴分开”的原则，以促进司法的公正。
　　2、 鉴定资料不完备、不齐全。在司法会计鉴定中，鉴定结论的可靠性、真实性是建立在鉴定人员对完备、充足的资料进行客观检验的基础之上的。鉴定资料是鉴定的客观物质基础。资料不完备、不充分所作出的鉴定结论也就不全面、不客观、不真实。司法实践中，由于送检人员一般对司法会计鉴定不了解，不知道应该送检哪些资料，往往所送检验的资料不充分、不齐全，对所需要确认的会计事项不能构成完整的记录，从而退卷或需要补充鉴定资料，影响了鉴定的顺利进行，拖延了时间，不利于案件的及时处理。
　　鉴定资料完备、充足且具有可检验性是司法会计的前提之一。办案人员在送检中，应根据需要解决的问题，合理取舍送检资料。在司法实践中，案件中涉及到的财务会计资料很多，但并不是所有的财务会计资料都可以做为司法会计鉴定的资料。送检人员在送检时应把握好以下三个原则：第一，鉴定资料是在案件所涉及的财务会计活动中形成的财务会计资料。这一原则体现了证据的相关性。案件所涉及到的财务会计活动所形成的财务会计资料往往客观、全面地记录着犯罪行为人的犯罪行为以及会计行为、财务行为。对这些财务会计资料进行检验是司法会计鉴定人员的主要任务，也是形成司法会计鉴定结论的主要依据。第二，鉴定资料必须是由司法机关经法定程序提取的财务会计资料。这是财务会计资料客观、真实的法律保证。在司法会计鉴定中，鉴定人员本身并不对送检资料的客观真实性进行审查，这应由司法机关来保证。因此，在送检时，送检的资料应该是经司法机关认可、收集和提取的财务会计资料。第三，鉴定资料必须是有必要而且是经过运用司法会计专门知识能够解决专门性问题的财务会计资料。这是保证司法会计的可能性的一个原则。司法会计鉴定有其自己独特的方法和原理，运用这些方法、原理必须能够解决所送检材中的专门性问题。如果通过运用司法会计的方法和原理不能够解决案件中的专门性问题，那这些资料不能作为司法会计鉴定的资料。如对于财务会计凭证中有关涂改、填写字迹和签名字迹的认定问题，运用司法会计知识显然解决不了，而只能运用文验技术来解决。

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