“二元论”模式是80年代后期提出的一种理论模式。该模式的理论依据是，司法会计学的主要研究对象是司法会计活动及其规律，而司法会计活动的基本内容是司法会计检查和司法会计鉴定。因此，司法会计学依据其研究对象的基本内容，可分为司法会计检查学和司法会计鉴定学两个分支学科，按这种模式建立的司法会计学学科体系的理论构成为：司法会计学概论（司法会计概念、原理、主体、标准；司法会计学的概念、研究内容等理论）、司法会计检查各论（司法会计检查的基本方法、程序；财务会计资料及相关财物的检查技术；各类诉讼案件的司法会计检查对策等理论）、司法会计鉴定各论（司法会计鉴定的范围、方式方法、鉴定证据、程序；各类财务会计问题的鉴定技术；鉴定结论的制作及文证审查等理论）。
　　“科学研究的区分，就是根据科学对象所具有的特殊的矛盾性。因此，对于某一现象的领域所特有的某一种矛盾的研究，就构成某一门学科的对象。”
　　因此，要确立司法会计学学科体系，首先要明确司法会计学的研究对象。其次，学科理论体系的建立是对实践经验的高度概括和总结，确立司法会计学的学科体系不能脱离司法实践。司法会计是一种专业性很强的诉讼活动，它在不同的诉讼阶段，在不同的案件当中所起到的作用是不同的。它既可以作为一种侦查、调查技术手段来发现线索、收集证据资料，又可以作为一种鉴定方法来确定、鉴定证据。因此，从内容上要依据它的不同特点来分别进行研究。“鉴定论”模式的出发点是将司法会计鉴定认为是司法会计，人为地缩小了司法会计的活动范围，也削弱了司法会计在司法实践中的功效。据此建立的学科体系对司法会计学来说，只能说是只确立了司法会计学学科体系的一个方面，即只是司法会计鉴定各论的内容，而没有涉及到司法会计检查各论。况且，它对于司法会计基本理论、概念的认识与界定也是模糊的，是不够全面的。“专业划分”模式的观点认为司法会计学的研究对象是司法会计，司法会计是一种诉讼活动，这是值得肯定的一个方面。但它对这一诉讼活动的具体内容没有加以区分，忽略了司法会计在诉讼活动中的不同作用，这与司法会计在司法实践中的实际情况是不相符合的。况且，依据行业特点来划分和建立学科体系，对于法学学科来讲是不切合实际的。从会计学角度上，根据不同行业经济活动的发生、发展过程的不同特点，对其进行会计核算和监督的不同方式和内容，建立不同行业的会计学如工业会计学、商业会计学等是完全科学的。但对于司法会计学来讲，虽然行业不同，采用的会计核算和会计制度有差异，但是司法会计学研究的是司法会计活动的特点和规律，这是针对司法实践中犯罪行为方式、特点及经济事项的具体情况来进行的，需要研究不同行业的犯罪的共同特点，因此，在确立学科体系时，不能脱离具体的司法实践。况且，就司法会计学学科体系来说，它是一个理论结构的体系，其各个部分之间应体现一定的次序、层次关系，这也是一门学科得以完善的基本模式。“专业划分”模式在其理论体系中既然已经将“专业司法会计学”作为一个重要的部分，同时又将案件资金论、会计证据论、司法会计方法论、司法会计鉴定论等列为“司法会计专论”的内容，且不说其内容前后有重复，缺乏层次性，就“各专论”本身而言脱离了行业，割裂了相互之间的关系后，以什么为具体研究内容。更况且，具体的方法是为了确定会计证据、计算案件资金数额，将它们相互割裂开来研究，显得不符合逻辑，也是空洞无物的。因此，“专业划分”模式虽然有其正确之处，但对于学科发展和体系的建立来讲是不可取的。

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