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一是对司法会计这一诉讼活动的具体内容没有加以区分，混淆了司法会计在诉讼活动中的不同作用，这与司法会计在司法实践中的实际情况是不相符合的。
二是，依据行业特点来划分和建立学科体系，对于属于法学学科的司法会计学不切合实际。从会计学角度，根据不同行业经济活动的发生、发展过程的不同特点，对其进行会计核算和监督，建立不同行业的会计学如工业会计学、商业会计学等是完全科学的。但对于司法会计学来讲，虽然行业不同，采用的会计核算和会计制度有一定的差异，但司法会计学研究的是司法会计活动的特点和规律，是针对司法实践中犯罪行为方式、特点及经济事项的具体情况来进行的，需要研究不同行业犯罪的共同特点，因此，在确立学科体系时，不能脱离具体的司法实践。
（三）“二元论”司法会计观的兴起
“二元论”司法会计观是80年代后期提出的一种观点，经过十余年的发展，这一理论观点及依据这一理论观点建立的司法会计学学科体系日益成熟、完善，并被司法实践所接受。
“二元论”司法会计观的核心思想是：从司法实践的角度将司法会计定义为诉讼活动，并依据诉讼法和刑事侦查学原理，将司法会计活动的基本内容概括为司法会计检查和司法会计鉴定。
依据这一理论观点建立的司法会计学学科体系的结构是：司法会计学由司法会计学概论（司法会计概念、原理、主体、标准；司法会计学的概念、研究内容等理论）、司法会计检查学（司法会计检查的基本原理、方法、程序；财务会计资料及相关财物的检查技术；各类诉讼案件的司法会计检查对策等理论）、司法会计鉴定学（司法会计鉴定的基本原理、范围、方法、鉴定证据、程序；各类财务会计问题的鉴定技术；鉴定结论的制作及文证审查等理论）。
这种观点及理论研究的成功之处在于，符合法理和学理原则，能够将司法会计理论与司法实践紧密结合并指导司法会计实践。它将司法会计划分为司法会计检查和司法会计鉴定，一方面，以诉讼中侦查、调查原理为依据，借鉴审计学的查账查物技术，将诉讼法规定的勘验检查与司法会计实践相结合，建立司法会计检查学；另一方面，以司法鉴定的“同一认定”理论为指导，将司法鉴定与会计要素相结合，建立司法会计鉴定学。在司法会计基本理论的指导下，将司法会计检查理论与司法会计鉴定理论统一于司法会计理论体系之中，最终形成“二元论”司法会计理论体系。
司法会计理论研究与司法会计的发展，凝结了广大司法会计工作者的心血。司法会计理论研究中的种种观点对司法会计的发展都起到了不同的作用。当然，任何一门学科的发展与完善都有一个过程，都是与具体的实践活动和人们的认识水平密切相关的。随着社会的进步、司法实践的不断深入和广大司法会计工作者的不懈努力，司法会计学将不断走向成熟。
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