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一是，造成了司法实践中的“侦鉴不分”。由于这种观点认为司法会计即指司法会计鉴定，将司法会计鉴定的内容和过程归纳为查帐、查物和写鉴定书。因此，在司法实践中，尤其是司法会计人员在侦查阶段介入案件时法律身份难以划分，职责不清，造成了实际上的“侦鉴不分”。即司法会计人员在案件中即是侦查员、查帐员，又是鉴定人，一人具有双重法律身份，违反了法制原则。
二是，造成“司法会计法律定性”的错误做法。
由于“一元论”司法会计观的形成是在借鉴审计理论成果和归纳实践中司法会计具体操作基础上形成的。因此，一些学者将审计实践中对财务会计错误行为的定性问题直接“借鉴”到司法会计鉴定中，将财务会计行为是否系贪污、挪用、偷税、抗税等列为司法会计鉴定的范围，而且在司法会计鉴定书中直接回答是否犯罪的问题。这种做法本身是违法的、不科学的。某种行为是否是犯罪行为，是哪一种犯罪行为，本身是司法机关需要收集案件中各种类型的证据来证明的，是司法机关和办案人员的事情，而不是司法会计鉴定人能够和应该解决的。但由于“一元论”司法会计观缺乏对司法会计理论的系统研究，且对实践中司法会计的具体做法未能从法律和科学角度来考察，造成了其理论观点的偏颇。
（二）“专业论”司法会计观的评价
“专业论”司法会计观，是２０世纪９０年代初期提出的一种司法会计观点。
“专业论”司法会计观的核心思想是：司法会计学的研究对象是司法会计，而司法会计的对象是案件资金。由于不同经济行业涉及的案件资金及会计证据的特点不同，应当按照经济行业的划分来分别研究司法会计理论，并建立相应专业的司法会计学。
依据这一理论观点建立的司法会计学学科体系的结构是：司法会计学由司法会计学概论（司法会计学的概念及理论体系；司法会计的概念、方法、程序、鉴定原理等理论）、专业司法会计学（工业、商业、建筑、行政事业等司法会计学）、司法会计专论（会计证据论、案件资金论、司法会计方法论、司法会计鉴定论等）。
从上述观点及学科体系不难看出，它将传统会计学中会计对经济活动的记录、反映、控制、监督职能借鉴到司法会计中，并将会计学的“资金运动”理论与犯罪行为结合起来，形成了“案件资金论”。显而易见，这种观点深深地打上了会计学的烙印。
这种观点认为司法会计学的研究对象是司法会计，司法会计是一种诉讼活动，这是值得肯定的一面。但从司法会计实践和学科理论的角度，又有明显的局限性。同时，这种理论研究的思路是从会计学的角度来研究司法会计，在司法会计实践中也造成了一些直接引用会计学、经济学的概念给具体“行为”定性的错误做法，在司法实践中也造成了一些不良的影响。具体来说，其不足之处有：
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