其次是农商行权力机关的利益均衡机制问题
1、 股东会和董事会的制衡关系
历史上在公司权力分配的问题上曾经出现过“股东大会中心主义“和”董事会中心主义“的争论，但两者均没能很好的解决公司有关利益主体的利益制衡问题。前者认为股东大会至高无上，董事会只是股东大会的附属物，股东大会和董事会是“人”和“手”的关系；后者认为董事会全权代理股东大会的权力，是公司的中心机构，股东大会和董事会是“人”和“人脑”的关系。以上两种观点都各有偏颇，事实上简单地分析股东大会和董事会的重要性是毫无意义的，我们必须从利益平衡的角度探索股东大会与董事会的权力界限。一方面，股东是农商行的所有者，股东大会应享有对农商行的重大事项决策权以及对董事会意见不一致时的裁决权。另一方面，董事会虽然要对股东利益负责，负有对股东大会的诚信义务，但是同时又要在最大程度上满足自身的利益。换句话说，董事会是具有相当独立性的一个利益团体。
2、 董事会和监事会之间的制衡关系
董事会是农商行的业务执行机构，实际控制资本的运行和投放市场的方向，如果没有相应的监督机关对其进行监控，股东利益就会受到不可预测的损害，即“权力不受制约必然被滥用”的万古不变的信条。监事会正是为了减少这种损害应运而生的。在英美法系的国家，学者通常把公司权力构造称之为单一委员会制[9]，公司权力构造的基本特征是没有独立的监事会，其公司机关只有股东会和监事会构成，且公司董事会的权力漫无边际。美国最新版本的修正标准商事
公司法第8.01（b）节规定：“公司所有的权力都应该由公司董事会行使，或者在董事会的授权下行使，公司所有的商事活动和商事事务都应当在董事会的指导下进行管理，但公司章程和股东协议对此作出限制规定的除外。”[10]依此可见一般。而在大陆法系的法国、德国实行的是双层委员会管理体制，监事会制度健全，监事会权力强大。董事会成员由监事会选任，股东大会在任何时候都可以根据监事会的提议罢免董事。就我国而言，根据
公司法的规定，董事会和监事会互相对立，二者组织结构并无从属关系，但是董事会“位高权重”，“股东拥有公司，由董事会管理”的“董事会中心主义”已成为客观事实。[11]监事会由于在监事会的设置以及复杂的人事安排难以履行起应有的法定职责。笔者认为，我国在法系上属于大陆法系，为保持法律的整体性和和谐性，我国的农商行应采大陆法系的双层委员会管理体制，形成股东会、监事会、董事会金字塔型的内部权力结构。股东会是监事会的权源，董事会的权源则直接产生于监事会，监事会拥有广泛的职能，监事会的职能有任免董事长、董事、监督董事会 的经营活动，检查财务报表与相关文件，以及对离职董事的审计。农商行只有形成这种有效的制横关系，其产权结构才能得到确实有效的保护。
