（一）、合作制的缺陷
　　从主观上来看，农商行放弃合作制走向股份制符合银行业发展的历史潮流，具有了一定的合理性，但同时放弃合作制还存在很多的客观原因，蔡则祥教授认为，按照合作制原则规范农信社的“改革方案”是一种“自上而下”、依靠“行政命令”的强制制度安排，至少成在三方面的缺陷：违背激励相容原则；违背市场导向原则；难以形成一种稳定的均衡结果。[2]事实上我国正规的合作金融从来就没有存在过，有的只是“观念上”的合作金融。1997年的《农信社管理规定》和98方案均明确了合作金融的法律地位，但是由于一系列制度安排的缺陷如社员的民主管理权形同虚设，农信社的合作制规定只是“纸上的规定”而已，在实践中找不到实现的土壤。现有的农商行的股份制乃是对农信社名存实亡的合作制的修正，其合理性必然会在未来农商行的实践中得到补充和实证。
　　（二）、农商行对农信社产权制度变革的必要性
　　产权制度的基本功能是给人们提供一个追求长期利益的稳定预期和重复博奕的规则，因此法律最重要的任务是对个人产权给予有效的保护，从而使得人们有积极性地建立彼此间的信誉。[3]产权制度的改革也就是以法律（主要是财产法）确定的规则界定产权的边界和产权主体间的权利义务关系，；来有效地保护产权人或者债权人的预期利益。完善的产权法必然有利于明晰产权，建立社会资源优化配置的财产约束机制，无效的产权法律制度则必然导致产权模糊不清，增大交易双方的信息费用，权利人无法获得稳定的预期利益。所以，无效的产权制度必须进行必要的变革。
　　从我国农信社发展的历史来看，农信社是计划经济下国家政策催生出的产物，而不是现代市场经济竞争选择的结果。在高度统一的单一计划管理体制下，农信社与当地政府之间的法律关系极其微妙，一方面农信社的发展需要当地政府的政策支持和积极配合，另一方面当地政府往往为了短期利益，以行政权力介入农信社的信贷运行机制，造成市场化操作严重失灵。结果是，计划经济条件下农信社的产权核心概念已经完全被边缘化了，产权中一些最基本的法律关系如法人财产权、社员权等都得不到有效的保护，产权主体的财产权和社员权得不到应有的保护，并且在纷繁复杂的产权关系中，农信社难以承受高昂的代理成本，因此为了恢复产权制度的基本功能，必然需要以市场化为导向的农商行取而代之。
　　（三）产权配置的价值取向
　　产权配置的价值取向是指产权设计和安排是根据什么样的价值标准建立的，即产权配置所要达到的目的。农商行是在农信社基础上建立起来的股份制商业银行，两者的产权制度具有某些共同点，如产权的地域性、资金来源和投放的、与当地政府相互协助的关系等。基于这些共同点两者的产权配置在服务于“三农”、发展和支持地方经济上具有相同的价值趋向。但农商行毕竟不同于以前的农信社，农信社的内部产权关系由于“所有者缺位”，没有人对其资产行使事实上的所有权，国家立法者也处于确定农信社的法人财产权会造成集体财产私有化的担心，处处限制农信社的产权关系，于是在产权配置上，“不患寡而患不均”的平均主义占了上风，讲求实质公平从而违反了农信社发展的经济规律。改革后的农商行自然应该摒弃这种忽视效率只谈公平的产权制度。因为在实行股份化改造后，企业法人的整体利益与传统的“支农”任务发生了冲突，农商行在提供金融服务是以利益最大化为行为准则，仅仅向农户提供小额生产贷款的“支农”任务难以适应市场经济的发展，但两者之间的矛盾也并不是不可调和的。从理论上来说，“支农”是农商行发展的手段，也是社会整体利益的体现，实现个人利益最大化则是它的目的。手段要为目的服务，目的又要选择合适的手段。我们不能舍本逐末，本末倒置，同时又要加强实现目标的手段的创新，在手段和目的之间形成利益的相互平衡并以法律的形式予以界定，具体来说：一是重新塑造农商行金融实体法人结构，以股份制明晰股东的基本权利和义务关系。二是以市场为导向，坚持效率优先兼顾公平的原则，合理安排产权结构，提高产权主体对投资的关切程度，以利益激励机制设计相关的产权关系。

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