承认“地方治理、各自为政”在一般意义上的合理性，并不意味着对在此名义下进行的各种具体措施，一概持肯定的态度。其实，SARS拷打之下出现的各自为政现象，再次牵引出两个互有关联的难题：中央和地方的权力划分问题；法治问题。
与法治发达国家相比，我国现行
宪法条款，尽管规定了划分原则（第
3条，“中央和地方的国家机构职权的划分，遵循在中央的统一领导下，充分发挥地方的主动性、积极性的原则。”）以及中央和地方各个国家机关的权限，但是，疏于结合具体管辖事项来确定中央和地方的分工合作问题。这一课题，遂更多地交付各个针对具体事项的单行法律予以完成。
《
传染病防治法》确实也有这方面的规定。例如，根据第26条，宣布疫区、在疫区内采取法定的紧急措施、对出入疫区的人员、物资和交通工具实施卫生检疫，是县级以上地方政府享有的权力（宣布疫区需经上一级地方政府决定）；决定对甲类传染病疫区进行封锁的权力，归省级政府；而封锁大中城市或者跨省、自治区、直辖市的疫区，以及封锁疫区导致中断干线交通或者封锁国境的，归国务院决定。
然而，结合该法律文本与当前的防治形势进行分析，在防治传染病事项上，中央和地方的权力配置仍然存在诸多模糊之处，以至于中央和地方权力在实际运作中都可能出现既过大又过小的问题。以交通部的紧急通知为例。该通知要求“任何地方、部门、单位和个人不得通过任何方式中止交通运输，以保障广大身体健康的旅客的正常运行，保障防治‘非典’的药品、医疗设备、医疗原材料以及社会生产生活物资的运输顺畅。”交通部的动机显然是良好的，旅客运行和物资运输的顺畅，即便在抗SARS的严峻形势下，也应予以适当的保障。但是，且不论在此一律禁止“单位和个人”以“任何方式中止交通运输”，已经因为用语不当而有越权和禁令过宽之嫌，单就完全杜绝地方中止交通运输的可能性而言，难免导致地方政府不能根据疫情发展的具体情况而作出适当的中止部分交通运输的决定。设若某县突发大规模SARS疫情，难道要让省级政府听之任之，仍然允许县际客运畅通无阻？
由此事例，已可窥见一斑。为日后立法计，当将中央与地方在应对紧急事态方面的权力划分，予以相对明确的厘定。虽不能在此代立法者言或草拟详细规则，但建议考虑以下原则：
