3、权限冲突解决条款。虽然通过行政机关组织法的完善，将在很大程度上解决行政机关之间职责不明、权限冲突的问题，但是，现实行政管理的复杂性使得行政机关在权限上的争议仍然无法彻底避免。权限冲突不只是行政系统内部职权归属问题，它在很多情形下也直接影响公民的权益。[29]为及时解决权限争议，使公民相关的权利义务尽快摆脱不稳定状态，有必要在行政机关组织法中规定专门的条款，比如，“国务院各部、各委员会之间发生权限争议时，由国务院总理及时召开国务院全体会议或常务会议予以解决，情况紧急时由总理或主管副总理直接处理。”
4、监督机制和法律责任追究机制条款。违反行政机关组织法的行为必须承担一定的法律责任，并且由国家有权机关通过监督机制予以追究。其中，有的违法行为，如超越组织法明确规定的职权范围作出的抽象或具体行政行为，一些现行的法律规范业已规定监督机制和责任追究机制，如全国人大常委会基于其监督权可以撤销国务院制定的与
宪法、法律相抵触的行政法规、决定和命令，人民法院可以在行政诉讼中撤销违法的具体行政行为。但是，针对有的违法行为，如非法设定机构、配置职权等行为，目前还没有比较完备的法律责任规范和相关的监督机制。因此，有必要在行政机关组织法中规定诸如撤销非法设定的行政机构、对直接责任人员处以一定行政处分等条款，以使组织法制定后真正得到实现。[30]
行政组织的法制化不仅需要完善行政机关组织法，而且需要健全行政机关编制法。就其性质而言，行政机关编制法当属广义的行政机关组织法范畴之内。[31]只是由于长期以来我国行政机关编制管理较为混乱，而上述两部主要的行政机关组织法渊源（
《国务院组织法》和
《地方各级人大和政府组织法》）对编制管理几乎未作规定，对其作大幅度修改、补充又受到诸多因素的限制，故学界和实践部门往往把行政机关编制立法作为一种相对独立的课题来研究。[32]实际上，1997年的《国务院机构设置和编制管理条例》已经表明，行政机关编制规则与有关的组织规则是密切联系在一起的。
从1949年直到1997年，我国在行政机关编制问题上经历了完全依赖主观决策、到提出“编制就是法”的口号、再到制定行政机关编制法的历程。[33]“编制就是法”的口号只是反映出人们对编制本身的规范意义的承认与重视，只是要求行政机关遵循既定的编制，它毕竟没有上升到由法律控制整个编制管理的观念层面。对编制工作缺乏有效规范，还是无法遏制编制过程的随意性和盲目性。因而，《
国务院行政机构设置和编制管理条例》的颁布，是具有象征意义的重大立法举措。不过，从该条例的出台和其内容来看，行政机关编制法体系的健全还需要在以下两个方面付出更多的努力。
其一，立法模式的合理化。在行政机关编制立法的模式方面，具体而言有四种思路：（1）制定单一的“行政机关编制法”作为行政编制管理的基本法律，系统规定行政编制管理的实体与程序内容，再配之以其他必要的法律、法规；（2）对现行的行政机关组织法作大量修改、补充，增加有关行政编制管理实体与程序内容的规则；（3）维持现有法律格局不变，通过行政法规、地方性法规、规章或政策性文件，制定和补充行政编制管理的具体规则；（4）结合第（2）种和第（3）种思路，在对现行行政机关组织法进行适当修订的基础上，制定“行政机关编制管理条例”（行政法规或地方性法规），以形成相互衔接和对应的体系。在此思路中又有不同的考虑：制定统一规范中央和地方各级行政机关编制管理的行政法规；中央和地方各级行政机关的编制管理由行政法规和地方性法规分别予以规定。[34]
在探讨上述四种模式的利弊以决定选择何种立法模式时，有学者基于以下考虑认为应该制定单一的行政机关编制法：世界上没有单独行政编制法的先例，并不意味着我们不能鉴于我国特殊国情予以首创；行政编制法与行政组织法有相对独立的意义，二者规范的对象基本不同；行政机关不能自己为自己授权原则，要求我们必须通过全国人大或其常委会制定法律以规范行政编制。[35]不过，也有实践部门的专家认为，行政编制立法在本质上是行政组织立法内在的、不可分割的组成部分，行政组织管理中诸要素的立法工作应齐头并进，并且，从立法认知角度而言，单一行政机关编制法应当和能够包括哪些内容尚不明晰，故当前最佳的选择是第（4）种思路。考虑到中央与地方各级政府在组织、编制方面的共通性，第（4）种思路中制定统一行政法规的设想较为可取。[36]从当前行政编制法制化尚处起步阶段、机构改革方兴未艾、中央和地方政府的组织和编制存在差异的现实着眼，第（4）种思路中的后一个看法似乎更为适宜。然而，必须强调的是：现行行政机关组织法的修订应当同时进行，就行政编制管理的各个方面作出原则性规定，并对国务院和地方人大的行政编制立法规定授权条款和备案审查、监督条款。《国务院机构设置和编制管理条例》、《广东省机构设置和编制管理条例》的制定表明，立法实践也倾向于这一思路。可是，现行行政机关组织法作相应补充修改的建议未被采纳，国务院和地方人大行政编制立法的合法性尚存在疑问，应当适时予以解决。
其二，立法内容的系统化。尽管《国务院机构设置和编制管理条例》规定了国务院机构编制管理机关在国务院行政机构设置管理和编制管理方面的基本权限、国务院行政机构设立、撤销或者合并方案应当包括机构编制事项、国务院行政机构编制的依据和原则、国务院行政机构编制方案应当涉及的事项、国务院行政机构的领导职数以及机构设置和编制管理的监督与责任追究机制等，但是，一部除了“附则”之外仅有23条的行政编制法规，确实难以满足人们对行政编制法制化的期待。在实现上述立法模式合理化的基础上，行政机关编制立法至少还需要解决以下几个方面的问题：[37]
（1）行政编制管理体制。1997年的《国务院机构设置和编制管理条例》提出了“国务院编制管理机关”这一法律概念，但是，1998年的
国务院机构改革方案没有把该机关列入其中。迄今为止，作为最高层次机关编制管理机构的中央机构编制委员会，还不属于国务院机构序列。编制法实施主体法律地位的暧昧不清，显然不适应行政编制法制化的发展。因此，行政编制管理机关的地位、性质、权限，从中央到地方各级行政编制管理机关之间的关系，是未来立法必须予以明确的内容；
