综观行政组织法发展的基本状况，不难发现，无论过去还是现在，我国行政组织法在内容上还存在较大欠缺。比较突出的有：基本的组织法律既没有明确行政机关的设置及其职权必须由法律或地方性法规规定这一原则，又没有明确授予行政机关对公共行政的组织的规制权限，这使得目前包括国务院在内的行政机关许多设定机构和职权的行为缺乏合法基础；[12]基本的行政组织法律亦缺乏对公民权利保障的原则性条款，从而难以避免行政机关在自行设置机构和确定权限时出现对公民不利的后果；[13]基本的组织法律对在公共行政组织方面的行政违法行为缺乏法律责任和追究机制的规定，致使行政官员可以随意不负责地扩充机构和人员；基本的组织法律对中央和地方在规制公共行政的组织的权限上没有规定，在一定程度上导致地方行政机关的设置与职权划分较为混乱；等等。在现行行政组织法体系上，缺少必要的与
国务院组织法和地方人民政府组织法相匹配的法律、法规以及经法律、法规授权制定的其他行政组织规范性文件，这也是形成目前许多行政机关职权不明、争权、越权的一个重要原因。
当然，若欲在公共行政组织领域建立现代法治，绝非仅仅依赖制定法律规则、完成法律形式就可以达到。如果制定法不能转化为社会运作机制的现实，法律不但如人们常说的那样形同一纸空文，而且会引起人们对法律的信仰危机。制定法从理念到文字再走向现实，取决于多维因素以及它们互动形成的合力，诸如社会发展的需要、政治制度的实际运作、传统的法律文化、现时的意识形态、执法者的素质与价值取向等都是决定性因素。1954年
宪法及此后制定的大量行政组织法律文件在“文革”中以及之前遭到现实的冷落，[14]说明我们不能仅凭制定法来确立行政组织的法治。当然，这丝毫也不意味着可以轻视或忽视制定法的作用。毫无疑问，制定法的完善是实现法治的一个不可或缺的条件，是实现民主、保障人权、塑造责任政府的一个必要途径。而对我国1949年以来行政组织法律规则本身发展的观察表明，我们不仅由于上述原因在相当长的一段时期内偏离了规则的统治，没有在过去较为丰富、具体的规则基础上实现真正的法治，甚至在1982年以后对形式上的规则要求也疏于关照了。
行政组织基本法律规则在形式上的大致不变甚至减少的现实，也许可以在一定程度上说明一种对形式法治的轻视，但这丝毫不能推演出行政组织制度变迁缓慢或静止的结论。恰恰相反，众所周知的是，自1949年以来至今，我国的行政组织制度始终处于变动不居的状态，始终具有放权和集权、设置和撤废、精简和膨胀等外部表象。当然，无数次剧烈改革之所以能够在一定程度上有序的范围内进行，还是依赖于规则的规整作用。这些规则有体现于法律、法规、规章形式之中的，但更多地是由政策性文件予以明确，或者由政策性文件首先予以确定，国务院“三定方案”就是当前典型的例子。[15]
虽然主要由政策性规定推动的、从50年代开始一直延续到现在的行政组织制度改革，都涉及中央和地方关系、党政关系、政企关系以及机构臃肿重叠、人浮于事等问题，[16]但是，1988年的机构改革可以作为一种标志和界线，因为这次改革以强调行政职能转变为特征。[17]在此之前的制度变革，是在计划经济体制的框架内解决决策权力过分集中所导致的一系列问题，主要手段是下放权力和强行精简机构。然而，只要集中管理经济的职能依然为政府所掌握，下放权力就不可能持续贯彻，经济运行失调和混乱的局面如果出现，重新集中权力就在所难免，一度精简的机构再行膨胀的循环也就会随之发生。尽管1988年提出政府职能转变的机构改革思路之后，“机构庞大，人员臃肿，政企不分，官僚主义严重”的问题依然存在，[18]但这只是表明复杂的制度转型需要长期艰苦的努力，而不可能阻挡我国行政组织制度变迁之重心转移——由下放权力和强行精简机构转向在市场经济目标下完成政府职能定位——的趋势。而且，更进一步言之，以经济改革思路为生长基础的行政组织制度变迁，已经不局限于如何定位政府管理经济的职能，在更为广泛的国家与社会关系上探索行政组织的职能及围绕职能而产生的设置问题，已经为人们所普遍关注。在未来一段时期内，中央政府和地方政府的权能划分、[19]政企适当分离与政府承担宏观调控职能、[20]政府与行业协会、社会团体、事业单位、基层群众自治组织的关系[21]等，都是以职能转变为重心的行政组织制度变迁中不可回避的问题。尤其值得一提的是，政府职能转变过程中出现的公共行政职能社会化趋势，[22]不仅导致行政组织范畴乃至行政法适用空间的外延扩大，并且促使我们必须谨慎地对待某个组织的特定职能（或行为）的性质问题。[23]像公立学校、行业协会等既有自我管理事务又有公共行政职能的社会组织之存在，要求我们不能笼统地、脱离具体情境地断言其是否行政组织。这是行政组织制度变迁中出现的一种新的现象。
在这样一个行政组织制度需要重新全面界定的变迁过程中，拘泥于形式法治原则、单纯强调行政组织规则的法律化，的确可能会不合时宜地使改革陷入束手束脚的沼泽地。不过，正如上文所述，机械法治主义在现代社会固然不可取，但排斥或轻视法律规则也是不明智之举，后者不仅可能在长远意义上对法治之孕育和发展造成不利的影响，而且也不利于具体制度改革宗旨的有效实现。例如，1999年12月，中央机构编制委员会办公室、国家经济贸易委员会、国家煤炭工业局拟定了《煤矿安全监察管理体制改革实施方案》，经国务院批准后由国务院办公厅印发了有关通知。该方案对煤矿安全监察管理体制改革的指导思想、煤矿安全监察管理体制的调整与机构设置、煤矿安全监察机构的主要职责和人员编制等，提出了规范性设计。然而，直到2000年9月，这一改革方案还未体现为法律或行政法规，[24]以至于已经成立的煤矿安全监察机构陷于无法可依的境地，甚至其权力的行使经常与现行的《
煤炭法》和《
矿山安全法》发生冲突。这种以政策性文件为依据而“先改革后立法”的作法，并非个例。当今，行政复议、行政诉讼制度逐渐为人们所熟悉，行政机关一般的心态是避免可能出现的大量复议或诉讼，可“先改后立”的惯例经常使行政机关在行使有关权力时缺少明确的法律、法规授权，或者与旧有的法律、法规发生冲突，受到此种权力行使影响的利益主体很可能会通过复议或诉讼途径提出异议，这就使得行政机关往往处于两难的困境。因此，以机构改革的灵活性、机动性为轻视行政组织规则的作法辩护，是缺乏充分理由的，行政组织的法制化应当作为一个复杂而又必须应对的问题。
