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三、《实施卫生与植物卫生措施协定》的有关规定
《实施卫生与植物卫生措施协定》(简称SPS协定)涉及到各国如何确定在国际贸易中对动植物携带疾病的传播或输入及有害物含量的控制标准和措施，因而其内容与生态环境保护密切相关。
SPS协定的核心内容主要有：（1）各成员方有权采取为保护人类、动植物生命或健康所必需的卫生、检疫措施。但这些措施的实施方式不得构成在情形相同的成员之间进行任意或不合理歧视的手段，不得构成对国际贸易的变相限制，且必须以充分的科学证据为基础；（2)凡符合国际标准、指南或建议的卫生与植物卫生措施，均应被视为保护人类、动植物生命或健康所必需的措施，并被推定为符合SPS协定和GATT1994的有关规定；（3)在有关科学证据不足时，成员方根据现有的有关信息，也可以临时采取某些卫生与植物卫生措施，但在此种情况下，各成员应寻求获得更加客观的进行风险评估所必需的额外信息，并在合理期限内据此审议卫生与植物卫生措施；（4)各缔约方可以维持或采用在科学性或公正性上要求更高的标准，但这些措施必须有科学根据，并被认为它的保护水平是适当的。
在适用上述规定时，首先应以科学证据为基础，科学证据是检疫规则的基石。但SPS协定本身并没有对“科学证据”作出明确的解释。在美国与日本关于限制农产品进口措施的纠纷中，根据专家组的解释，科学证据是指在检疫措施和科学证据之间有客观、合理的联系；上诉机构则认为，要确定一项检疫措施是否有充分的科学证据，还牵涉SPS协定第5条第1款(检疫措施应当以风险评估为依据)、第3条第3款和第5条第7款。从这一分析可以看出，科学证据与风险评估有密切的关系，这些评估的数据是采取检疫措施的科学证据。 风险评估的目的在于尽量杜绝仅凭微小怀疑或猜测，就认为有理由采取行动的做法。根据SPS协定第5条第2款的规定，进行风险评估应考虑的因素有：已有的科学证据；有关的工序和生产方法；有关的检查、抽样和检验方法；特定病害或虫害的流行；病虫害非疫区的存在；有关的生态和环境条件以及检疫或其他处理方法。此外，根据SPS协定第5条第3款的规定，在评估风险或采取适度保护措施时，还要考虑有关的经济因素：由于虫害或病害的传入、定居或传播造成生产或销售损失的潜在损害；在进口成员领土内控制或根除病虫害的费用；以及采用替代方法控制风险的相对成本效益。根据以上因素确定适度保护水平时，应将该保护措施对贸易的消极影响减少到最低程度。
在科学证据不足时，成员方根据现有的有关信息(包括国际组织或其他成员方的检疫信息以及其他尽力获取的补充资料)，也可以采取临时性的、预防性的检疫措施。正因为如此，在“疯牛病”被怀疑与人类的克雅氏病和其它一些动物疾病有关时，欧盟才能对英国的“疯牛病肉”实施有效贸易禁运，以防止对人类和生态环境带来不可预期的危险。
但是，SPS协定的上述规定忽视了科学技术的动态发展和复杂程度，导致它在当前的转基因产品国际贸易问题上束手无策。例如，由于美国廉价的转基因农产品大量涌入欧洲，对欧洲当地农产品构成了严峻的挑战，为了保护本地农民的利益，欧盟采取了一系列抵制、限制转基因农产品进口的措施。以美国为首的出口国认为，由于目前没有科学证据表明转基因农产品对人类健康和环境有不利影响，按照SPS协定第2条第2款的规定，抵制转基因农产品进口是不适当的，抵制的真正目的是为了保护其国内低效率的农业。而以欧盟为首的限制进口国则援引SPS协定第5条第7款，坚持认为为了保护本国居民的生命和健康，在获得有关转基因农产品长期影响的证据之前，不会给转基因技术发放许可证。双方各执一词，争执不休，国际转基因农产品贸易因此陷入困境。
此外，与TBT协定一样，SPS协定在发挥其环保作用的同时，也为一些国家出于贸易保护主义目的设置绿色贸易壁垒提供了极大的便利。
四、《补贴与反补贴措施协定》的有关规定
乌拉圭回合达成的《补贴与反补贴措施协定》(简称SCM协定)是在东京回合《补贴与反补贴守则》的基础上进一步修正与充实而成的，它被列入WTO协定附件1A中。
SCM协定将补贴分为禁止性补贴(指成员方不得授予或维持的补贴)、可申诉补贴(指在一定范围内允许实施，但如果在实施的过程中对其他成员方的经济贸易利益产生了不利影响，受到不利影响的成员便可对其提出反对意见或提出申诉的补贴)和不可申诉补贴(指成员方在实施这类补贴措施时，一般不受其他成员的反对或因此而采取反补贴措施的补贴)，其中的不可申诉补贴就包含有对环保的补贴，即“为促进现有设施 适应法律和／ 或法规规定的新的环境要求而提供的援助，这些要求对公司产生更多的约束和财政负担” 。但是由于此种环保补贴是一种专向性的补贴， 所以它必须符合一定的条件：(1)资助是一次性的非重复措施；(2)资助限定在适应性改造工程费用的20%；(3)资助不包括公司替换或实施受援投资而产生的费用；(4)资助与公司计划减少废弃物和污染有直接联系且比例相称，不包括任何可实现的对制造成本的节省；(5)资助是所有能采用新设备或新生产工艺的公司可获得的。一成员方在实施此种补贴之前，应将有关的详细情况真实准确地通知补贴与反补贴措施委员会，以便其他成员能够评估该计划是否符合上述条件。如果此类补贴没有全部满足上述要求，则可能被视为可申诉补贴而遭受反补贴措施。即使此类补贴全部符合上述条件，若它对其他成员方的国内产业造成严重不利影响，该成员方也可请求与给予或维持此类补贴的成员进行磋商，在提出磋商请求后60天内， 如未达成双方接受的解决办法，提出磋商请求的成员方可将该问题提交补贴与反补贴措施委员会。
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